UPCOMING WORKSHOPS

42. Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB (ZOOM online event)#

Thema: Einführung und Training in DiversityNaviKey (DWB-DNK) und DiversityDescriptions (DWB-DD)

Schwerpunkt: Diagnose und Identifikation anhand strukturierter Merkmalsdaten, Bestimmungsschlüssel; Organisation von beschreibenden (Merkmals-)Daten (focus on identification keys and descriptive (trait) data)

  • Die Progressive Web App DiversityNaviKey wird erstmals vorgestellt. Sie erlaubt die interaktive Identifikation von Organismen und ist ein generisches Werkzeug zur Diagnose von Klassen nach einer vorgegebenen Matrix von Merkmalen und Merkmalszuständen. Verschiedene Beispielsdatensätze (u.a. auch LIAS light) werden vorgeführt und für DWB-DNK freigegeben.
  • Das Forschungsdatenmanagementsystem (RDMS) DiversityDescriptions wird als System zur nachhaltigen Organisation von strukturierten wissenschaftlichen Daten im Bereich Bio- und Geodiversitätsforschung vorgestellt. Die Software ist geeignet für Mess- und Merkmalsdaten, wie sie in systematisch-taxonomischen und ökologischen Projekten sowie Projekten zur Begriffschema- und Ontologie-Verwaltung und aus der Umweltforschung anfallen. Dies umfasst auch die Verwaltung von Merkmalsmatrices mit strukturierten diagnostisch relevanten Beschreibungsdaten, wie sie für interaktive Bestimmungsschlüssel geeignet sind.

Der Workshop wird als Maßnahme des NFDI4Biodiversity Konsortiums durchgeführt. Er bietet Software Demos und Training für Forscher (e.g., Doktoranden, PostDocs) und Datenmanager.

An der Vorbereitung und Durchführung des Workshops beteiligtes Team

  • aus Bayreuth, Universität Bayreuth: Tonjock Rosemary Kinge, Gerhard Rambold
  • aus Göttingen, Gesellschaft für Wissenschaftliche Datenverarbeitung (GWDG): Sven Bingert
  • aus Karlsruhe, Staatliches Museum für Naturkunde und Arachnologische Gesellschaft: Florian Raub/ Hubert Höfer (angefragt)
  • aus Stuttgart, Staatliches Museum für Naturkunde: Ingo Wendt

Die Teilnehmer werden angeleitet, (a) mit der DWB-Applikation DiversityNaviKey auf dem eigenen Smartphone oder anderen Endgeräten und (b) mit der DWB-Applikation DiversityDescriptions in einer Trainingsdatenbank über den eigenen PC oder Laptop selbständig zu arbeiten. Verschiedene Vorträge und Demos verdeutlichen den vielfältigen und flexiblen Einsatz der Software.

Organisatorisches und Technisches

Beginn: 8. November 2021, 11.00 Uhr, Ende: 9. November 2021, 15.00 Uhr

  • Dieser DWB Workshop wird an zwei aufeinanderfolgenden Tagen remote via ZOOM Konferenzsystem stattfinden. Alle Teilnehmer sollten sich bis zum 4. November für den Praxisteil und bis zum 7. November für den Theorieteil per email an Tanja Weibulat angemeldet haben und bekommen dann die ZOOM-Einladung kurz vor dem Meeting per email zugesandt.
  • Es wird Vorträge und chat-Diskussionen, Live-Demos, Zeitfenster mit allgemeiner Diskussion und Zeitfenster zum selbständigem Arbeiten mit DiversityNaviKey (DWB-DNK) und in DiversityDescriptions (DWB-DD) geben.
  • Wir unterscheiden dabei zwischen Teilnehmern, die das Modul DiversityDescriptions und seine Möglichkeiten nur kennenlernen wollen, und solchen, die auch an den praktischen Übungen teilnehmen und gemeinsam in DWB-DD arbeiten wollen. Aufgrund des Betreuungsaufwands beschränken wir den Übungsteil in DWB-DD auf 20 angemeldete Personen. Der Übungsteil findet in den beiden Zeitfenstern "Selbständiges Arbeiten mit DWB-DD unter Anleitung" statt. Bitte vermerken Sie ihren Wunsch zur Teilnahme an diesem praktischen Teil bei der Anmeldung über Tanja Weibulat.
  • Falls Sie mitarbeiten wollen, verwenden Sie Ihren eigenen LapTop oder PC:
    • Betriebssystem ab MS Windows 7; .Net Framework 4.8 bitte vorab installieren! Mit dem aktuellsten MS Windows Update sollte .NET 4.8 bereits mitinstalliert sein.
  • Falls Sie in DWB-DD mitarbeiten wollen, unterstützen wir Sie bei der Installation von DWB-DD Clients: 5. November 2021, 14.00 Uhr bis 15.00 Uhr oder nach Vereinbarung
    • Personen, die während des Workshops selbständig oder unter Anleitung mit DiversityDescriptions arbeiten möchten, wird dabei über ein Remote-HelpDesk (Anton Link, Tanja Weibulat) der Zugriff auf jeweils eine eigene DiversityDescriptions_Workshop Datenbank in der DWB Trainingsumgebung eingerichtet.

8. November 2021

  • 11.00 Uhr Vortrag: Diversity Workbench – Einführung(info) (Dagmar Triebel)
  • 11.30 Uhr Vortrag: DiversityNaviKey – Progressive Web App (DWB-DNK) (Ariane Grunz)
  • 12.00 Uhr DiversityNaviKey Software Demo am Beispiel LIAS (Ariane Grunz)
  • 12.30 Uhr Mittagspause
  • 13.30 Uhr DiversityNaviKey: Erläuterungen zu den sechs DNK Beispielsdatensätzen (Eva Haiduk ?, Tanja Weibulat)
  • 13.45 Uhr DiversityNaviKey Software, selbständiges Arbeiten (Ariane Grunz)
  • 14.45 Uhr Kaffeepause
  • 15.00 Uhr Live-Demo: Überblick über Grundfunktionen von DWB-DD, Beispiel Bayernflora-Heilpflanzen-Quiz; Datenfluss zur Erzeugung einer PostgreSQL Cachedatenbank (A. Link); siehe auch Introduction to DiversityDescriptions(info)
  • 16.30 Uhr Vortrag und Diskussion: Was ist NFDI4BioDiv Research Data Commons? Könnte DiversityNaviKey Teil einer NFDI RDC Application Layer werden? (Ivo?, Dagmar Triebel)
  • 17.00 Ende

9. November 2021

  • 9.00 Uhr Selbständiges Arbeiten mit DiversityDescriptions (DWB-DD) unter Anleitung, Organisation von Beschreibungen, verschiedene Beispiele und Funktionen (Anton Link)
  • 10.00 Uhr Kaffeepause
  • 10.30 Uhr Selbständiges Arbeiten mit DiversityDescriptions (DWB-DD) unter Anleitung, verschiedene Beispiele und Funktionen (Anton Link)
  • 12.00 Uhr Mittagspause
  • 13.00 Uhr Live-Demo: Überblick über Funktionen von DWB-DD II, u.a. Import aus tabulator-separierten Tabellen und Export zur Archivierung von EML-CSV und EML-SDD files
  • 13.45 Uhr Live-Demo: DWB-DD als RDMS für ARAMOB und AraGes: morphologisch-anatomische Daten von Vogelspinnen und Wolfsspinnen, html-Editor (Ingo Wendt, Hubert Höfer?, Florian Raub?),
  • 14.00 Uhr Vortrag/ Live-Demo: DWB-DD as RDMS for ethnomycological datasets from African countries (Rosemary Tonjock Kinge)
  • 14.15 Uhr Vortrag/ Live-Demo: DWB-DD als RDMS für Bestandsverwaltung von Mikroplastiksorten in der Forschung (Alexander Beckert)
  • 14.30 Uhr Vortrag: DWB-DD als Backend-Datenbank zur Organisation von Datentransformationen zur Archivierung und EML-SDD-Publikation: GFBio Beispiele DSMZbacdivedesc, BELMONTsurveydesc (Stefan Seifert, Tanja Weibulat)
  • 14.45 Uhr Vortrag: Diversity Workbench als GFBio Service(info) + Live Demo (Sven Bingert, Anton Link)
  • 15.00 Uhr Ende

Teilnehmer

Teilnehmer Institut Fachgebiet
Christoph Schomburg Universität Kassel Zoologie
Julia Wellsow Flora von Bayern Botanik

Open-Access Datenprojekte in DiversityDescriptions#

Weitere Information#

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken (nach dem Workshop)#

  • IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
  • Port: 5432
  • SQL-Server authentification
    • User: WORKSHOP
    • Password: available on request

Trainingsdateien für Datenimporte in DiversityDescriptions stehen

hier zum Download (zip-Datei) bereit.

Diversity Workbench Entwickler Plattform#

Diversity Workbench – empfohlen von der DFG und GFBio#

DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

GFBio recommended research data management mit DWB in 10 questions

Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum, GBIF Data Publisher und CETAF Data Provider#

Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#

  • DiversityMobile – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung (IBF)

GBOL Data Transfer Applications#

Literaturempfehlung zum Thema DiversityDescriptions, DELTA, SDD, EAV#

GFBio relevant standards, protocols and formats mit SDD, DELTA, EML und MOD-CO

GFBio type 3 data mit SDD und EML

DELTA (taxonomy) data format mit DELTA – DEscription Language for TAxonomy, Intkey, NaviKey und Open DELTA

Coleman, C., Lowry, J. & Macfarlane, T. 2010. DELTA for Beginners. An introduction into the taxonomy software package DELTA. – ZooKeys 45: 1–75. https://doi.org/10.3897/zookeys.45.263. download

Dallwitz, M. J. 1980. A General System for Coding Taxonomic Descriptions. – Taxon 29 (1): 41–46. https://doi.org/10.2307/1219595. JSTOR 1219595. S2CID 85981894. download

Diederich, J. 1997. Basic properties for biological databases: Character development and support. 25(10): 109-127. https://doi.org/10.1016/S0895-7177(97)00078-2. download

Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. download

Hagedorn, G., Thiele, K., Morris, R., Heidorn, P.B. 2005. Structured Descriptive Data (SDD) w3c-xml-schema, Version 1.0. Biodiversity Information Standards (TDWG) http://www.tdwg.org/standards/116 (version 1.1 available)

Harjes, J., Link, A., Weibulat, T., Triebel, D. & Rambold, G. 2020. FAIR digital objects in environmental and life sciences should comprise workflow operation design data and method information for repeatability of study setups and reproducibility of results, Database, 2020 (Article ID baaa059), 1–20. – https://doi.org/10.1093/database/baaa059

Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. doi: 10.3897/mycokeys.8.6605 download.

Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Link, A., Glöckner, F.O. & Triebel, D. 2018. MOD-CO schema – a conceptual schema for processing sample data in meta’omics research (version 1.0). http://mod-co.net/wiki/MOD-CO_Schema_Reference.

Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Klaster, S., Sanz, V., Link, A., Glöckner, F. O., Triebel, D. 2019. Meta-omics data and collection objects (MOD-CO): A conceptual schema and data model for processing sample data in meta-omics research. – Database, 2019 (Article ID baz002), 1–13. – https://doi.org/10.1093/database/baz002

Rambold, G., Zedda, L., Coyle, J., Peršoh, D., Köhler, T., Triebel, D. 2016. Geographic heat maps of lichen traits derived by combining LIAS light description and GBIF occurrence data, provided on a new platform. – Biodiversity and Conservation 25(13): 2743–2751. (doi:10.1007/s10531-016-1199-2).

Triebel, D., Grunz, A., Seifert, S., Link, A. & Rambold, G. (2021). DiversityNaviKey, a Progressive Web Application for interactive diagnosis and identification. In: Gesellschaft für Informatik e.V. (GI) GI. (Hrsg.): INFORMATIK 2021, Lecture Notes in Informatics (LNI), Gesellschaft für Informatik, Bonn 2021: 517-538; preliminary version of the conference proceedings, see https://informatik2021.gi.de/fileadmin/GI/Hauptseite/Aktuelles/Veranstaltungen/INFORMATIK_2021/proceedings_20210927_1.pdf PDF

Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.

xper Software Wiki mit xper3 Collaborative descriptive data platform und xper2 Desktop software

Entity attribute value model (EAV), called also "open schema"

Literaturempfehlung allgemein#

ARPHA Writing tool under https://arpha.pensoft.net/ and http://arphahub.com/; import of species descriptions via XML/API?

FAIR Principles Special Issue 2019

DiSSCo Knowledge Base Dokumente

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