Agenda: DWB DiversityDescriptions as Research Data Management System (RDMS), data pipelines with DWB-DD involved

UPCOMING WORKSHOPS

39. Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB#

Thema: Einführung in DWB DiversityDescriptions; Schwerpunkt: Management von Mess- und Merkmalsdaten, Importe, Exporte, DWB-DD als Teil des GFBio Netzwerkes

Es wird das Management von wissenschaftlichen Daten im Bereich Bio- und Geodiversitätsforschung ohne direkten Sammlungsbezug behandelt. Dies betrifft Mess- und Merkmalsdaten, wie sie in ökologischen Projekten mit Prozessen im Labor anfallen, inklusive dem Management von strukturierten Beschreibungsdaten. Dabei werden Fragen der Interoperabiliät, des Datenaustauschs und der Standardisierung behandelt, besonders mit Bezug zur German Federation for Biological Data (GFBio). Die Teilnehmer werden angeleitet, mit der DWB-Applikation DiversityDescriptions in einer Trainingsdatenbank selbständig zu arbeiten. Verschiedene Demos verdeutlichen den vielfältigen und flexiblen Einsatz der Software.

An der Vorbereitung und Durchführung des Workshops beteiligtes Team

  • aus Stuttgart, Museum für Naturkunde: Ingo Wendt

Der Workshop wird in Kooperation mit der German Federation for Biological Data (GFBio) veranstaltet.

Dieser DWB Workshop wird an zwei darauffolgenden Tagen stattfinden. Es stehen mehrere Räume zur Verfügung, um auf neue COVID-19 Maßnahmen, Hygiene- und Sicherheitskonzepte sowie Abstandsregeln reagieren zu können. Die Teilnehmer-Zahl wird auf maximal 10 begrenzt. Bitte melden Sie sich an und bringen Sie Ihren eigenen LapTop mit (Spezifikationen siehe unten). Die Ansprechpartner und DWB-Experten vor Ort werden zeitlich abwechselnd bereitstehen.

Organisatorisches und Technisches#

  • Anreise
    • vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 12 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Tram- und Metrobusnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
    • vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 25 min): Ab Hauptbahnhof mit der U-Bahn U1 bzw. U7 Richtung Olympia-Einkaufszentrum fahren. Die U-Bahn fährt alle 5 min. An der Haltestelle Rotkreuzplatz aussteigen und in die Trambahnlinie 12 Richtung Amalienburgstraße umsteigen. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das Tram- und Metrobusnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.

  • Zeit: Beginn: 26. Oktober 2020, 11.00 Uhr, Ende: 27. Oktober 2020, 13.00 Uhr
  • Mittagspause am 26. Oktober: ca. 12.30 Uhr bis 13.15 Uhr
  • Kaffeepause am 26. Oktober: ca. 15.15 Uhr bis 15.30 Uhr
  • Kaffeepause am 27. Oktober: ca. 10.15 Uhr bis 10.30 Uhr
  • (um einen Unkostenbeitrag von € 15 wird gebeten)
  • Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows 7; .Net Framework 4.8 bitte vorab installieren! Mit dem aktuellsten Windows Update sollte .NET 4.8 bereits mitinstalliert sein.)
  • Im Workshop verwendete DWB Client-Software
    • will be listed here...
    • will be listed here...

Arbeitsprogramm#

26. Oktober 2020

  • 11.00 Uhr Diversity Workbench – Einführung(info) (D. Triebel)
  • 11.30 Uhr Überblick über Grundfunktionen des RDMS DWB-DD (A. Link)
  • 12.30 Uhr Mittagspause
  • 13.15 Uhr Datenkuration von Messdaten in DWB-DD, Spreadsheets (A. Link, G. Rambold)
  • 13.30 Uhr Demo: DWB-DD als RDMS für ARAMOB morphologisch-anatomische Daten von Wolfsspinnen (I. Wendt)
  • 13.45 Uhr Selbständiges Arbeiten mit DWB-DD am Beispiel des Managements von morphologisch-anatomischem Beschreibungen von Organismen, inkl. DWB-DD Exporte zur Generierung von html-Seiten (A. Link, I. Wendt)
  • 14.45 Uhr Demo: DWB-DD als RDMS für LIAS, Demo NaviKey (E. Haiduk)
  • 15.00 Uhr Vorstellung einer ersten prototypischen Version von DiversityNaviKey mit Zugriff auf DWB-DD-Daten und DD PostgreSQL-Cache-Datenbanken (A. Grunz)
  • 15.15 Uhr Kaffeepause
  • 15.30 Uhr Demo: DWB-DD als RDMS für die Entwicklung und Publikation von Community-Standards, Beispiel MOD-CO; Wiki-Seiten, XSD-files (G. Rambold)
  • 15.45 Uhr Demo: DWB-DD als RDMS für eine Workflow-Design-Datenbank (G. Rambold)
  • 16.30 Uhr Diskussion
  • 17.00 Uhr Ende

27. Oktober 2020

  • 9.00 Uhr Überblick über Funktionen zur Sicherung der Konformität mit SDD und EML Standard (A. Link)
  • 9.30 Uhr Selbständiges Arbeiten mit DWB-DD: Import Schemas und Import Wizard (A. Link, N.N.)
  • 10.15 Uhr Kaffeepause
  • 10.30 Uhr GFBio Daten-Pipeline I inkl. GFBio Submission Einbindung von DiversityProjects, teilweise Demo (T. Weibulat, W. Reichert, M. Weiss)
  • 11.30 Uhr GFBio Daten-Pipeline II: DWB-DD-Datenpakete zur Publikation und Archivierung, teilweise Demo (T. Weibulat, S. Seifert)
  • 12.30 Uhr Diskussion und Ende
Teilnehmer Institut Fachgebiet
Florian Raub Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe Zoologie, Biodiversitätsinformatik
Camila Uribe-HolguinLudwig-Maximilians-Universität MünchenBotanik
Julia Wellsow Flora von Bayern Systematische Botanik
N.N. Universität Bremen Informatik, GFBio Data Harvesting
N.N. Universität Marburg Informatik, GFBio VAT Tool

Weitere Information#

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken (nach dem Workshop)#

  • IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
  • Port: 5432
  • SQL-Server authentification
    • User: WORKSHOP
    • Password: available on request

Diversity Workbench Entwickler Plattform#

Diversity Workbench – empfohlen von der DFG und GFBio#

DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

GFBio recommended research data management mit DWB in 10 questions

GFBio guided research data submission mit DWB

Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum, GBIF Data Publisher und CETAF Data Provider#

Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#

  • DiversityMobile – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung (IBF)

GBOL Data Transfer Applications#

 

 Literatur zum Workshop#

ARPHA Writing tool under https://arpha.pensoft.net/ and http://arphahub.com/; import of species descriptions via XML/API?

FAIR Principles Special Issue 2019

GFBio relevant standards

DiSSCo Knowledge Base Dokumente

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Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56. Triebel, D., Reichert, W., Bosert, S., Feulner, M., Osieko Okach, D., Slimani, A. & Rambold, G. 2018. A generic workflow for effective sampling of environmental vouchers with UUID assignment and image processing. – Database, 2018 (Article ID bax096), 1–10; see doi/10.1093/database/bax096/4797113

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Siehe auch 32. und 34. DWB Workshop here. Beide Workshops behandelten Themen zu DWB-DD.