Neunzehnter DiversityWorkbench Workshop am IT Zentrum der SNSB
– in Kooperation mit German Barcode of Life#
Schwerpunkt: Datenmanagement im Rahmen von Monitoring- und Barcoding-Projekten
Ansprechpartner von GBOL, ZFMK Bonn: S. Pietsch P. Grobe, B. Rulik
Team am SNSB IT-Zentrum: D. Triebel, M. Weiss, D. Neubacher, W. Reichert, T. Weibulat, M. Knick, A. Link
Organisatorisches #
- Ansprechpartner (Anreise etc.): I. Sebek, T. Weibulat
- Ort: Botanische Staatssammlung München, Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zimmer 139
- Anreise
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
- vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
- vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes
- Zeit: 12.08.2013, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.00 Uhr
- Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.30 Uhr
- Kaffeepause: ca. 14.45 Uhr bis 15.00 Uhr
- Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)
Arbeitsprogramm#
Thema ist das Management von wissenschaftlichen Daten im Rahmen von Monitoring- und Barcoding-Projekten: Sammlungs- und Beobachtungsdaten, Taxonreferenzlisten und Georeferenzierung; Datenmobilisierung, Datenimporte. Die in diesem Kontext zentralen Komponenten sind DiversityCollection (=DC) und DiversityTaxonNames. Zur Verwaltung von strukturierten Artbeschreibungen wird DiversityDescriptions eingesetzt. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Desktop wird auch die Dateneingabe über die Smartphone App "DiversityMobile" demonstriert.
- 10.00 Uhr Diversity Workbench – Systemdesign, Datenflüsse und Datenbank-Infrastruktur für Projekte der DFG und des BMBF
(D. Triebel)
- 10.15 Uhr Einführung in "DiversityCollection" mit DC-Import-Wizard anhand des DC-Manuals (pdf); Arbeiten mit DWB-Trainingsdatenbanken (M. Weiss)
- 11.30 Uhr DiversityDescriptions: DD 2.0 – DD 3.0 mit Software-Demonstration DD 3.0 (D. Triebel, A. Link)
- 12.00 Uhr Kurze Vorstellung der Möglichkeiten mobiler Datenerfassung mit der DWB, mit Schwerpunkt auf "DiversityMobile"(T. Weibulat)
- 12.30 Uhr Mittagspause mit Kurzdemo im Botanischen Garten: "DiversityMobile" auf Smartphone (W. Ahlmer, T. Weibulat)
- 13.30 Uhr Einführung in "DiversityTaxonNames" anhand des DTN-Manuals (pdf), Erstellung und Pflege von Taxonreferenzlisten; Arbeiten mit DWB-Trainingsdatenbanken (M. Weiss)
- 14.30 Uhr German Barcode of Life (GBOL): GBOL Taxon-Referenzlisten für Deutschland (B. Rulik, P. Grobe, D. Triebel)
- 14.45 Uhr Kaffeepause
- 15.00 Uhr German Barcode of Life (GBOL): DiversityCollection zum Management von GBOL-DNA-Proben (P. Grobe, T. Weibulat)
- 15.30 Uhr Arbeiten mit DWB-Trainingsdatenbanken (M. Weiss)
- 16.15 Uhr Vorstellung von "DiversityGISeditor", "DiversitySamplingPlots" und "DiversityGazetteer" (W. Reichert)
- 17.00 Uhr Ende
P. S.: "DiversityAgents", "DiversityProjects", "DiversityReferences" und "DiversityScientificTerms" sind nicht Thema dieses 19. DWB Workshops.
| Teilnehmer | Institut | Fachgebiet |
|---|---|---|
| Sandra Franz | LMU München | Ökologie |
| Wolfgang Ahlmer | Botanische Staatssammlung München | Botanik |
| Karl-Heinz Rexer | Philipps-Universität Marburg | Mykologie |
| Stefanie Rudolph | Universität Frankfurt am Main | Mykologie |
| Hubert Höfer | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Arthropoda |
| Florian Raub | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Arthropoda |
| Veronica Sanz | Botanische Staatssammlung München | Mykologie |
| Konstanze Bensch | Botanische Staatssammlung München | Mykologie |
| Jürgen Klotz | Universität Regensburg | Botanik |
Diversity Workbench Entwickler Plattform#
Zugangsdaten zur DWB Trainingsdatenbank#
- IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
- Port: 5432
- SQL-Server authentification
- User: Training
- Password: available on request
- Restrict to DiversityCollection...
Virtuelle Forschungsumgebung und Diversity Mobile#
- DiversityMobile on Smartphones with WindowsPhone
Daten in DiversityCollection online#
- via GBIF Portal SNSB GBIF Data Publisher
- 33 BioCase-Wrapper Dienste am SNSB IT-Zentrum
- 10 Webschnittstellen mit Zugriff auf Daten via DiversityCollectionCache
Daten in DiversityTaxonNames online#
- via Catalogue of Life/ Annual/Dynamic Checklist Portal: Source databases "GSDs" LIAS und MELnet
- 2 Webschnittstellen und SOAP webservices mit Zugriff auf DTN Datenbanken:
Literatur zum Workshop#
Chapman, A. D. 2005. Principles and Methods of Data Cleaning – Primary Species and Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 72 pp. download
Chapman, A. D. 2005. Principles of Data Quality. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 58 pp. download
Chapman, A. D. 2005. Uses of Primary Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 106 pp. download
Chapman, A. D. & Grafton, O. 2008. Guide to Best Practices for Generalising Sensitive Species Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 21 pp. download
Chapman, A. D. & Wieczorek, J. 2006 (eds.). Biogeomancer, Guide to Best Practices in Georeferencing. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 80 pp. download
Frazier, C. K., Wall, J. & Grant, S. 2008. Initiating a Natural History Collection
Digitisation Project, version 1.0. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. –
75 pp. download
Gray, J., Liu, D. T., Nieto-Santisteban, M., Szalay, A. S., DeWitt, D. & Heber, G. 2005. Scientific Data Management in the Coming Decade. – Technical Report MSR-TR-2005-10. – 8 pp. download
Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. download
Triebel, D. 2009. Pilzherbarien – Neue Aufgaben im Bereich Biodiversitätsinformatik und Datenmanagement. – In Anonymous (ed.), Rundgespräche der Kommission für Ökologie, herausgegeben von der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Band 37: Ökologische Rolle von Pilzen. – 131–145. München. download
New! Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302
Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.
Wieczorek, J., Guo, Q. & HiJmans, R. J. 2004. The point-radius method for georeferencing locality descriptions and calculating associated uncertainty. Int. J. Geographical Information Science 18(8): 747–767 download
