DivWorkbenchWorkshop_42

UPCOMING WORKSHOPS

42. Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB (ZOOM online event)#

Thema: Einführung und Training in DiversityNaviKey (DWB-DNK) und DiversityDescriptions (DWB-DD)

Schwerpunkt: Diagnose und Identifikation anhand strukturierter Merkmalsdaten, Bestimmungsschlüssel; Organisation von beschreibenden (Merkmals-)Daten (focus on identification keys and descriptive (trait) data)

Der Workshop wird als Maßnahme des NFDI4Biodiversity Konsortiums durchgeführt. Er bietet Software Demos und Training für Forscher (e.g., Doktoranden, PostDocs) und Datenmanager.

An der Vorbereitung und Durchführung des Workshops beteiligtes Team

Die Teilnehmer werden angeleitet, (a) mit der DWB-Applikation DiversityNaviKey auf dem eigenen Smartphone oder anderen Endgeräten und (b) mit der DWB-Applikation DiversityDescriptions in einer Trainingsdatenbank über den eigenen PC oder Laptop selbständig zu arbeiten. Verschiedene Vorträge und Demos verdeutlichen den vielfältigen und flexiblen Einsatz der Software.

Organisatorisches und Technisches

Beginn: 8. November 2021, 11.00 Uhr, Ende: 9. November 2021, 15.00 Uhr

8. November 2021

9. November 2021

Teilnehmer

Teilnehmer Institut Fachgebiet
Christoph Schomburg Universität Kassel Zoologie
Julia Wellsow Flora von Bayern Botanik

Open-Access Datenprojekte in DiversityDescriptions#

Weitere Information#

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken (nach dem Workshop)#

Trainingsdateien für Datenimporte in DiversityDescriptions stehen

hier zum Download (zip-Datei) bereit.

Diversity Workbench Entwickler Plattform#

Diversity Workbench – empfohlen von der DFG und GFBio#

DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

GFBio recommended research data management mit DWB in 10 questions

Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum, GBIF Data Publisher und CETAF Data Provider#

Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#

GBOL Data Transfer Applications#

Literaturempfehlung zum Thema DiversityDescriptions, DELTA, SDD, EAV#

GFBio relevant standards, protocols and formats mit SDD, DELTA, EML und MOD-CO

GFBio type 3 data mit SDD und EML

DELTA (taxonomy) data format mit DELTA – DEscription Language for TAxonomy, Intkey, NaviKey und Open DELTA

Coleman, C., Lowry, J. & Macfarlane, T. 2010. DELTA for Beginners. An introduction into the taxonomy software package DELTA. – ZooKeys 45: 1–75. https://doi.org/10.3897/zookeys.45.263. download

Dallwitz, M. J. 1980. A General System for Coding Taxonomic Descriptions. – Taxon 29 (1): 41–46. https://doi.org/10.2307/1219595. JSTOR 1219595. S2CID 85981894. download

Diederich, J. 1997. Basic properties for biological databases: Character development and support. 25(10): 109-127. https://doi.org/10.1016/S0895-7177(97)00078-2. download

Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. download

Hagedorn, G., Thiele, K., Morris, R., Heidorn, P.B. 2005. Structured Descriptive Data (SDD) w3c-xml-schema, Version 1.0. Biodiversity Information Standards (TDWG) http://www.tdwg.org/standards/116 (version 1.1 available)

Harjes, J., Link, A., Weibulat, T., Triebel, D. & Rambold, G. 2020. FAIR digital objects in environmental and life sciences should comprise workflow operation design data and method information for repeatability of study setups and reproducibility of results, Database, 2020 (Article ID baaa059), 1–20. – https://doi.org/10.1093/database/baaa059

Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. doi: 10.3897/mycokeys.8.6605 download.

Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Link, A., Glöckner, F.O. & Triebel, D. 2018. MOD-CO schema – a conceptual schema for processing sample data in meta’omics research (version 1.0). http://mod-co.net/wiki/MOD-CO_Schema_Reference.

Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Klaster, S., Sanz, V., Link, A., Glöckner, F. O., Triebel, D. 2019. Meta-omics data and collection objects (MOD-CO): A conceptual schema and data model for processing sample data in meta-omics research. – Database, 2019 (Article ID baz002), 1–13. – https://doi.org/10.1093/database/baz002

Rambold, G., Zedda, L., Coyle, J., Peršoh, D., Köhler, T., Triebel, D. 2016. Geographic heat maps of lichen traits derived by combining LIAS light description and GBIF occurrence data, provided on a new platform. – Biodiversity and Conservation 25(13): 2743–2751. (doi:10.1007/s10531-016-1199-2).

Triebel, D., Grunz, A., Seifert, S., Link, A. & Rambold, G. (2021). DiversityNaviKey, a Progressive Web Application for interactive diagnosis and identification. In: Gesellschaft für Informatik e.V. (GI) GI. (Hrsg.): INFORMATIK 2021, Lecture Notes in Informatics (LNI), Gesellschaft für Informatik, Bonn 2021: 517-538; preliminary version of the conference proceedings, see https://informatik2021.gi.de/fileadmin/GI/Hauptseite/Aktuelles/Veranstaltungen/INFORMATIK_2021/proceedings_20210927_1.pdf PDF

Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.

xper Software Wiki mit xper3 Collaborative descriptive data platform und xper2 Desktop software

Entity attribute value model (EAV), called also "open schema"

Literaturempfehlung allgemein#

ARPHA Writing tool under https://arpha.pensoft.net/ and http://arphahub.com/; import of species descriptions via XML/API?

FAIR Principles Special Issue 2019

DiSSCo Knowledge Base Dokumente

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Diepenbroek, M., Glöckner, F., Grobe, P., Güntsch, A., Huber, R., König-Ries, B., Kostadinov, I., Nieschulze, J., Seeger, B.; Tolksdorf, R., & Triebel, D. 2014. Towards an Integrated Biodiversity and Ecological Research Data Management and Archiving Platform: The German Federation for the Curation of Biological Data (GFBio). – In: Plödereder, E., Grunske, L., Schneider, E. & Ull, D. (eds): Informatik 2014 – Big Data Komplexität meistern. GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) – Proceedings 232: 1711-1724. Köllen Verlag, Bonn.

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Mons, B., Neylon, C., Velterop, J., Dumontier, M., Bonino da Silva Santos, L. O. & Wilkinson, M. D. 2017. Cloudy, increasingly FAIR; revisiting the FAIR Data guiding principles for the European Open Science Cloud. Information Services & Use 37(1): 49-56. DOI: 10.3233/ISU-170824, (download)

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