DivWorkbenchWorkshop_39

Agenda: DWB DiversityDescriptions as Research Data Management System (RDMS), data pipelines with DWB-DD involved

UPCOMING WORKSHOPS

39. Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB#

Thema: Einführung in DWB DiversityDescriptions; Schwerpunkt: Management von Mess- und Merkmalsdaten, Importe, Exporte, DWB-DD als Teil des GFBio Netzwerkes

Es wird das Management von wissenschaftlichen Daten im Bereich Bio- und Geodiversitätsforschung ohne direkten Sammlungsbezug behandelt. Dies betrifft Mess- und Merkmalsdaten, wie sie in ökologischen Projekten mit Prozessen im Labor anfallen, inklusive dem Management von strukturierten Beschreibungsdaten. Dabei werden Fragen der Interoperabiliät, des Datenaustauschs und der Standardisierung behandelt, besonders mit Bezug zur German Federation for Biological Data (GFBio). Die Teilnehmer werden angeleitet, mit der DWB-Applikation DiversityDescriptions in einer Trainingsdatenbank selbständig zu arbeiten. Verschiedene Demos verdeutlichen den vielfältigen und flexiblen Einsatz der Software.

An der Vorbereitung und Durchführung des Workshops beteiligtes Team

Der Workshop wird in Kooperation mit der German Federation for Biological Data (GFBio) veranstaltet.

Dieser DWB Workshop wird an zwei darauffolgenden Tagen stattfinden. Es stehen mehrere Räume zur Verfügung, um auf neue COVID-19 Maßnahmen, Hygiene- und Sicherheitskonzepte sowie Abstandsregeln reagieren zu können. Die Teilnehmer-Zahl wird auf maximal 10 begrenzt. Bitte melden Sie sich an und bringen Sie Ihren eigenen LapTop mit (Spezifikationen siehe unten). Die Ansprechpartner und DWB-Experten vor Ort werden zeitlich abwechselnd bereitstehen.

Organisatorisches und Technisches#

Arbeitsprogramm#

26. Oktober 2020

27. Oktober 2020

Teilnehmer Institut Fachgebiet
Florian Raub Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe Zoologie, Biodiversitätsinformatik
Camila Uribe-HolguinLudwig-Maximilians-Universität MünchenBotanik
Julia Wellsow Botanische Staatssammlung München und SNSB IT Center Botanik, Flora von Bayern
Robert Huber Universität Bremen Informatik, GFBio Data Harvesting
N.N. Universität Marburg Informatik, GFBio VAT Tool

Weitere Information#

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken (nach dem Workshop)#

Diversity Workbench Entwickler Plattform#

Diversity Workbench – empfohlen von der DFG und GFBio#

DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

GFBio recommended research data management mit DWB in 10 questions

GFBio guided research data submission mit DWB

Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum, GBIF Data Publisher und CETAF Data Provider#

Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#

GBOL Data Transfer Applications#

 

 Literatur zum Workshop#

ARPHA Writing tool under https://arpha.pensoft.net/ and http://arphahub.com/; import of species descriptions via XML/API?

FAIR Principles Special Issue 2019

GFBio relevant standards

DiSSCo Knowledge Base Dokumente

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Diederich, J. 1997: Basic properties for biological databases: Character development and support. 25(10): 109-127. https://doi.org/10.1016/S0895-7177(97)00078-2. download

Diepenbroek, M., Glöckner, F., Grobe, P., Güntsch, A., Huber, R., König-Ries, B., Kostadinov, I., Nieschulze, J., Seeger, B.; Tolksdorf, R., & Triebel, D. 2014. Towards an Integrated Biodiversity and Ecological Research Data Management and Archiving Platform: The German Federation for the Curation of Biological Data (GFBio). – In: Plödereder, E., Grunske, L., Schneider, E. & Ull, D. (eds): Informatik 2014 – Big Data Komplexität meistern. GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) – Proceedings 232: 1711-1724. Köllen Verlag, Bonn.

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GBIF News 2018. Adding-sequence-based-identifiers-to-backbone-taxonomy-reveals-dark-taxa-fungi. – https://www.gbif.org/news/2LrgV5t3ZuGeU2WIymSEuk/adding-sequence-based-identifiers-to-backbone-taxonomy-reveals-dark-taxa-fungi

Gramelsberger, G. & Müller, M. 2018. Datengetriebene Forschung. Ein Beitrag aus wissenschaftlicher Perspektive. Forschung & Lehre 9/2018: 758-760. – https://www.wissenschaftsmanagement-online.de/beitrag/datengetriebene-forschung-ein-beitrag-aus-wissenschaftsreflexiver-perspektive-9347

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Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56. Triebel, D., Reichert, W., Bosert, S., Feulner, M., Osieko Okach, D., Slimani, A. & Rambold, G. 2018. A generic workflow for effective sampling of environmental vouchers with UUID assignment and image processing. – Database, 2018 (Article ID bax096), 1–10; see doi/10.1093/database/bax096/4797113

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Siehe auch 32. und 34. DWB Workshop here. Beide Workshops behandelten Themen zu DWB-DD.