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41. Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB#

Thema: Einführung in die Diversity Workbench; Management von Beobachtungsdaten in Projekten zum Artenmonitoring; DWB als Teil von GFBio und NFDI4BioDiversity

Es wird das langfristige Management von Forschungsdaten aus Artenmonitoringprojekten behandelt wie es unter Mitwirkung von Fachgesellschaften, Kennern der heimischen Flora und Fauna sowie Behörden wie Umweltämtern durchgeführt wird. Adressiert wird dabei die Verwaltung von Daten zum Auftreten und Abundanz von Organismen, deskriptive Daten z.B. aus dem Bereich amtlicher Naturschutz wie der Rote-Liste-Status, Daten aus (regionaler) Literatur und historischen Aufzeichnungen, sowie die Verwaltung von Daten aus Taxonomien, wissenschaftlichen Terminologien/ Ontologien und zu Geoobjekten. Dabei werden Fragen der Interoperabiliät, des Datenaustauschs, der Standardisierung sowie der Repräsentation der Daten über Open Access-Portale behandelt. Der Workshop wird zusammen mit der German Federation for Biological Data (GFBio) und unter Einbeziehung von Anwendungsfällen des NFDI Konsortiums NFDI4BioDiversity durchgeführt. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen DiversityAgents, DiversityCollection, DiversityScientificTerms, DiversityTaxonNames in einer Trainingsdatenbank selbständig zu arbeiten. Verschiedene Vorträge und Demos verdeutlichen den vielfältigen und flexiblen Einsatz der Software.

An der Vorbereitung und Durchführung des Workshops beteiligtes Team

Organisatorisches und Technisches#

  • DWB Workshop: Beginn: 27. April 2021, 10.00 Uhr, Ende: 28. April 2021, 17.00 Uhr
  • Dieser DWB Workshop wird an zwei aufeinanderfolgenden Tagen via ZOOM Konferenzsystem stattfinden. Alle Teilnehmer sollten sich bis zum 26. April per email an Tanja Weibulat angemeldet haben und bekommen dann die ZOOM-Einladung kurz vor dem Meeting per email zugesandt.
  • Es wird Vorträge, Live-Demos und Zeitfenster zum selbständigem Arbeiten mit Diversity Workbench (DWB) Datenbanken und Modulen geben.
  • Wir unterscheiden dabei zwischen Teilnehmern, die die Software-Anwendungen und ihre Möglichkeiten nur kennenlernen wollen, und solchen, die auch an den praktischen Übungen teilnehmen und gemeinsam in DWB arbeiten wollen. Aufgrund des Betreuungsaufwands beschränken wir den Übungsteil auf 20 angemeldete Personen. Der Übungsteil findet in den den Zeitfenstern "Selbständiges Arbeiten mit DWB unter Anleitung" statt. Bitte vermerken Sie ihren Wunsch zur Teilnahme an diesem praktischen Teil bei der Anmeldung über Tanja Weibulat.
  • Falls Sie mitarbeiten wollen, verwenden Sie Ihren eigenen Laptop oder PC:
    • Betriebssystem ab MS Windows 7; .Net Framework 4.8 bitte vorab installieren! Mit dem aktuellsten MS Windows Update sollte .NET 4.8 bereits mitinstalliert sein.
  • Falls Sie mitarbeiten wollen, unterstützen wir Sie bei der Installation von DWB Clients am 26. April 2021, 11.00 Uhr. Sollte dieser Termin bei Ihnen nicht passen, melden Sie sich bitte per email bei Tanja Weibulat. Dann suchen wir gemeinsam ein für Sie passendes Zeitfenster.
    • Personen, die während des Workshops selbständig oder unter Anleitung mit DWB arbeiten möchten, wird dabei über ein Remote-HelpDesk (Anton Link, Tanja Weibulat, Markus Weiss) der Zugriff auf jeweils eine eigene DiversityCollection_Workshop-Datenbank sowie gemeinschaftlich aktiv editierend genutzte Datenbanken von DiversityAgents_Workshop, DiversityProjects_Workshop, DiversityScientificTerms_Workshop, DiversityTaxonNames_Workshop sowie zum DWB GIS Editor in der DWB Trainingsumgebung eingerichtet.
  • Trainingsdateien für DiversityCollection stehen hier zum Download (zip-Datei) bereit.

Arbeitsprogramm#

27. April 2021

28. April 2021

  • 9.00 Uhr Selbständiges Arbeiten mit DWB-DC, Grundfunktionen (Anleitung M. Weiss, unterstützt von A. Link, W. Reichert, T. Weibulat)
  • 10.00 Vortrag: Datenaustausch Flora von Bayern: Bayerisches Landesamt für Umwelt <-> SNSB IT-Zentrum(info) (M. Ruff)
  • 10.30 Uhr Live-Demo: Flora von Bayern-Initiative: Import von Beobachtungsdaten aus Exceltabellen, Arbeiten mit dem Spreadsheet (J. Wellsow)
  • 10.45 Uhr Kaffeepause
  • 11.15 Uhr Live-Demo: Bayernflora-Editor (J. Wellsow)
  • 11.30 Uhr Live-Demo: Bayerische TaxRef-Datenbank (DTN mit RL-Kategorien, LfU Code, Angabe des floristischen Status, Checklist-Infos etc.) und Darstellung der Info im BIB Datenportal (W. Diewald, J. Wellsow)
  • 11.45 Uhr Vortrag: Publikation von Beobachtungsdaten über die DWB-BioCASe-Datenpipeline(info). Daten in GFBio, VAT Tool, GBIF und im Portal der Flora des Böhmerwaldes + Live-Demo (T. Weibulat, W. Diewald)
  • 12.00 Uhr Live-Demos: Portalfunktionen des Spinnen-Portals SMNK/ AraGes und des BIB-Datenportals der Bayernflora, aufbauend auf DWB gemanagten Daten und Caching-Mechanismen (interaktive Verbreitungskarten, Artenlisten, BIB-Statistiken zu Artenzahlen etc.) (F. Raub, J. Wellsow)
  • 12.30 Uhr Vortrag: NFDI4BioDiversity – Nationale Forschungsdateninfrastruktur für Biodiversität(info) (M. Friedrichs-Manthey)
  • 12.45 Uhr Mittagspause
  • 13.45 Uhr Vortrag Einsatz von DiversityTaxonNames und Verwendung von Taxonlisten in GBOL(info) + Live-Demo (B. Quast)
  • 14.00 Uhr Live-Demo: DWB-DTN Datenpipeline, Taxon-Checklist-Daten in GFBio und GBIF: Publikation von taxonomischen Daten, Klassifikationen, RL-Kategorien und Referenz-Codes im DWB-DTN Schema (REST-API) und im DwC Schema (S. Seifert)
  • 14.15 Uhr Vortrag Diversity Workbench als GFBio Service(info) + Live Demo (S. Bingert, A. Link)
  • 14.45 Uhr Kaffeepause
  • 15.00 Uhr Selbständiges Arbeiten mit DWB-DC, spezielle Funktionen (Anleitung M. Weiss, unterstützt von A. Link, W. Reichert, T. Weibulat)
  • 16.00 Uhr Live-Demo: Import von Bilddaten mit Bayernflora-Template, DiversityImageInspector (W. Reichert, J. Wellsow)
  • 16.15 Uhr Live-Demo: Überblick über Funktionen des DWB GIS Editors (Video, 34 min) (W. Reichert)
  • 17.00 Diskussion und Ende

Teilnehmer Institut Fachgebiet
Maximilian Albrecht Zentralmagazin Naturwissenschaftlicher Sammlungen (ZNS) der Martin-Luther-Universität Halle-Wittenberg Geologie, Paläontologie
Ditta Amran Balke Zoologische Staatssammlung München, SNSB Entomologie
Jörg Brünecke Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung GmbH (UFZ) Biozönoseforschung, NFDI4BioDiversity
Zuzana Deisenhofer IT-Abteilung der Stadt Göppingen Informatik
Barbara Ebert GFBio e.V. NFDI4BioDiversity
Christina Ifrim Jura-Museum Eichstätt, SNSB Paläontologie
Birgit Klasen Zoologisches Forschungsmuseum Alexander König, Bonn GFBio, NFDI4BioDiversity
Christian Kolb Naturkundliches Museum Göppingen Paläontologie
Damaris Margaritis Nationalpark Schwarzwald Ökologisches Monitoring und Artenschutz
Maria Meister GFBio e.V. Informatik, NFDI4BioDiversity
Rudi Netzsch Landesbund für Vogelschutz (LBV), Starnberg Botanik, Ornithologie
Katja Neven Zoologische Staatssammlung München, SNSB Entomologie
Carla Novoa Botanische Staatssammlung München, SNSB Botanik
Ratu Ratna-Kania Zoologische Staatssammlung München, SNSB Entomologie
Maura Renninger Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart Entomologie
Robin Schmidt Technische Universität Braunschweig Zoologie
Cornelia Straubinger Nationalpark Bayerischer Wald Botanik
Camila Uribe-Holguin Botanische Staatssammlung München, SNSB und Ludwig-Maximilians-Universität München Botanik
Finn Viehberg Universität Greifswald und Staatliche Naturwissenschaftliche Sammlungen Bayerns Zoologie, Paläontologie
Judith Weber Universität Bremen GFBio, NFDI4BioDiversity
Ingo Wendt Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart Entomologie
Alexander Wietzke Universität Kassel Botanik, NFDI4BioDiversity

Weitere Information#

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken (nach dem Workshop)#

  • IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
  • Port: 5432
  • SQL-Server authentification
    • User: WORKSHOP
    • Password: available on request

Diversity Workbench Entwickler Plattform#

Diversity Workbench – empfohlen von der DFG und GFBio#

DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

GFBio recommended research data management mit DWB in 10 questions

GFBio guided research data submission mit DWB

Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum, GBIF Data Publisher und CETAF Data Provider#

Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#

  • DiversityMobile – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung (IBF)

GBOL Data Transfer Applications#

Literatur zum Workshop#

ICEDIG Dokumente

Dallmeier-Tiessen, S., Khodiyar, V., Murphy, F., Nurnberger, A., Raymond, L. & Whyte, A. 2017. Connecting Data Publication to the Research Workflow: A Preliminary Analysis, International Journal of Digital Curation (IJDC), Vol 12, No 1, 2017, doi.org/10.2218/ijdc.v12i1.533

David, J., Garrity, G.M., Greuter, W., Hawksworth, D. L., Jahn, R., Kirk, P. M., McNeill, J., Michel, E., Knapp, S., Patterson, D. J., Tindall, B. J., Todd, J. A., van Tol, J. & Turland, N. J. 2012. Biological nomenclature terms for facilitating communication in the naming of organisms. – ZooKeys 192: 67-72. https://zookeys.pensoft.net/article/2774/; doi: 10.3897/zookeys.192.3347; – https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3349063/

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