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40. Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB#

Thema: Einführung in die Diversity Workbench; Schwerpunkt: Management von Sammlungsdaten, taxonomischen Daten und Terminologien, DWB als Teil des GFBio Netzwerkes

Es wird das Management von Daten im Bereich Bio- und Geodiversitätsforschung mit direktem Sammlungsbezug behandelt. Dies betrifft Daten zur Sammlungsobjektverwaltung, Verwaltung von Sammlungstransaktionen, wie auch das Management von Taxonomien, Terminologien und Geoobjekten. Dabei werden Fragen der Interoperabiliät, des Datenaustauschs und der Standardisierung behandelt, auch mit Bezug zur German Federation for Biological Data (GFBio). Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen DiversityAgents, DiversityCollection, DiversityScientificTerms, DiversityTaxonNames sowie dem DWB GIS Editor in einer Trainingsdatenbank selbständig zu arbeiten. Verschiedene Vorträge und Demos verdeutlichen den vielfältigen und flexiblen Einsatz der Software.

An der Vorbereitung und Durchführung des Workshops beteiligtes Team

• aus München: Dagmar Triebel, Ariane Grunz, Anton Link, Dieter Neubacher, Dirk Neumann, Wolfgang Reichert, Stefan Seifert, Tanja Weibulat, Markus Weiss

• aus Bonn, Zoologisches Forschungsmuseum Alexander Koenig (ZFMK): Peter Grobe, Björn Quast

• aus Göttingen, GWDG: Sven Bingert

• aus Karlsruhe, Staatliches Museum für Naturkunde (SMNK) und Arachnologische Gesellschaft (AraGes): Hubert Höfer, Florian Raub

• aus Stuttgart, Staatliches Museum für Naturkunde (SMNS): Joachim Holstein, Juan-Carlos Monje

• aus Tallinn University of Technology: Olle Hints

Der Workshop wird in Kooperation mit der German Federation for Biological Data (GFBio) veranstaltet.

Organisatorisches und Technisches#

• DWB Workshop: Beginn: 1. Dezember 2020, 10.00 Uhr, Ende: 2. Dezember 2020, 17.00 Uhr

• Dieser DWB Workshop wird an zwei aufeinanderfolgenden Tagen remote via ZOOM Konferenzsystem stattfinden. Alle Teilnehmer sollten sich bis zum 30. November per email an Tanja Weibulat angemeldet haben und bekommen dann die ZOOM-Einladung kurz vor dem Meeting per email zugesandt.

• Es wird Vorträge und chat-Diskussionen, Live-Demos, Zeitfenster mit allgemeiner Diskussion und Zeitfenster zum selbständigem Arbeiten mit Diversity Workbench (DWB) Datenbanken und Modulen geben.

• Wir unterscheiden dabei zwischen Teilnehmern, die die Software-Anwendungen und ihre Möglichkeiten nur kennenlernen wollen, und solchen, die auch an den praktischen Übungen teilnehmen und gemeinsam in DWB arbeiten wollen. Aufgrund des Betreuungsaufwands beschränken wir den Übungsteil auf 20 angemeldete Personen. Der Übungsteil findet in den fünf Zeitfenstern "Selbständiges Arbeiten mit DWB unter Anleitung" statt. Bitte vermerken Sie ihren Wunsch zur Teilnahme an diesem praktischen Teil bei der Anmeldung über Tanja Weibulat.

• Falls Sie mitarbeiten wollen, verwenden Sie Ihren eigenen LapTop oder PC:
  • Betriebssystem ab MS Windows 7; .Net Framework 4.8 bitte vorab installieren! Mit dem aktuellsten MS Windows Update sollte .NET 4.8 bereits mitinstalliert sein.

• Falls Sie mitarbeiten wollen, unterstützen wir Sie bei der Installation von DWB Clients am 30. November 2020, 11.00 Uhr. Sollte dieser Termin bei Ihnen nicht passen, melden Sie sich bitte per email bei Tanja Weibulat, dann suchen wir gemeinsam ein weiteres, für Sie passendes Zeitfenster.
  • Personen, die während des Workshops selbständig oder unter Anleitung mit DWB arbeiten möchten, wird dabei über ein Remote-HelpDesk (Anton Link, Tanja Weibulat, Markus Weiss) der Zugriff auf jeweils eine eigene DiversityCollection_Workshop-Datenbank sowie gemeinschaftlich aktiv editierend genutzte Datenbanken von DiversityAgents_Workshop, DiversityProjects_Workshop, DiversityScientificTerms_Workshop, DiversityTaxonNames_Workshop sowie zum DWB GIS Editor in der DWB Trainingsumgebung eingerichtet.

• Im Workshop zum Editieren verwendete Diversity Workbench Client-Applikationen
  • DiversityAgents 4.1.21
  • DiversityCollection 4.3.131
  • DiversityGisEditor 4.3.0
  • DiversityProjects 4.1.47
  • DiversityScientificTerms 4.1.6
  • DiversityTaxonNames 4.1.15
  • DWB Benutzerhandbücher als pdf (generiert aus CHM files) und DWB Video Tutorials
  • Trainingsdateien für den DWB GIS Editor und DiversityCollection stehen hier zum Download (zip-Datei) bereit.

Arbeitsprogramm#

1. Dezember 2020

• 10.00 Uhr Begrüßung und Hinweise zum Einsatz von ZOOM (D. Triebel, T. Weibulat)
• 10.05 Uhr Vortrag: Diversity Workbench – Einführung (D. Triebel)
• 10.30 Uhr Live-Demo: Überblick über Grundfunktionen von Diversity Workbench (DWB) und DiversityCollection (DWB-DC), Beispiele (M. Weiss)
• 11.15 Uhr Vortrag: DWB Workshop Datenbanken und Trainingsserver (A. Link); siehe auch DWB Trainingsumgebung
• 11.30 Uhr Selbständiges Arbeiten mit DWB-DC: Anlegen von Daten (Anleitung M. Weiss, unterstützt von A. Link, W. Reichert, T. Weibulat)
• 12.30 Uhr Mittagspause
• 13.25 Uhr ZOOM-Gruppenbild
• 13.30 Uhr Live-Demo: Überblick über Funktionen von DiversityProjects (DWB-DP), DiversityAgents (DWB-DA), DiversityScientificTerms (DWB-DST), DiversityTaxonNames (DWB-DTN), Beispiele (T. Weibulat, M. Weiss)
• 14.15 Uhr Selbständiges Arbeiten mit verschiedenen DWB Modulen: Quellen für Daten in DWB-DC (Anleitung M. Weiss, unterstützt von A. Link, W. Reichert, T. Weibulat)
• 15.15 Uhr Kaffeepause
• 15.45 Uhr Live-Demo: Überblick über Funktionen von DiversitySamplingPlots und DiversityTaxonNames, Anwendungsbeispiele aus dem SMNK und der AraGes (H. Höfer)
• 16.15 Uhr Vortrag: Sammlungsdaten am ZFMK (Data Exchange and Facilitation of Work Processes through DiversityCollection) (P. Grobe)
• 16.30 Uhr Vortrag: Einsatz von DiversityTaxonNames und Verwendung von Taxonlisten in GBOL (B. Quast)
• 16.45 Uhr Diskussion
• 17.00 Uhr Ende

2. Dezember 2020

• 9.00 Uhr Selbständiges Arbeiten mit dem ImportWizard von DWB-DC (Anleitung M. Weiss, unterstützt von A. Link, W. Reichert, T. Weibulat)
• 9.45 Uhr Live-Demo: Import von Daten zu SNSB-ZSM Sammlungsobjekten (Gewebeproben & DNA-Daten) aus Exceltabellen, inklusive Verwaltung von Permits (D. Neumann)
• 10.15 Uhr Vortrag: DiversityDescriptions – Einführung (A. Link)
• 10.30 Uhr Kaffeepause
• 11.00 Uhr Vortrag: Diversity Workbench als GFBio Service (S. Bingert)
• 11.15 Uhr Vortrag: Publikation von Sammlungsdaten im ABCD-Schema: DWB-BioCASe-Datenpipeline, Daten in GFBio, VAT Tool und GBIF (T. Weibulat)
• 11.45 Uhr Live-Demo: Publikation von taxonomischen Daten im DWB-DTN Schema und im DarwinCore-Schema: DWB-DTN Datenpipeline, Taxon-Checklist-Daten in GFBio und GBIF (S. Seifert)
• 12.00 Uhr Vortrag: Management von SMNS Sammlungsdaten aus den Geosciences in DiversityCollection und Vorbereitung zur Datenpublikation (J. Holstein, J.-C. Monje, W. Walbaum)
• 12.15 Uhr Lecture and Live-Demo: GeoCASe2.0 The Earth Science Collections Portal (Olle Hints)
• 12.30 Uhr Diskussion, erstes Feedback
• 13.00 Uhr Mittagspause
• 14.00 Uhr Live-Demo: Überblick über Funktionen des DWB GIS Editors (Video, 34 min) (W. Reichert)
• 14.30 Uhr Selbständiges Arbeiten mit dem DWB GIS Editor (Anleitung W. Reichert, unterstützt von A. Link, T. Weibulat, M. Weiss)
• 15.15 Uhr Kaffeepause
• 15.45 Uhr Selbständiges Arbeiten mit verschiedenen DWB Modulen (Anleitung M. Weiss, unterstützt von W. Reichert, T. Weibulat)
• 17.00 Uhr Ende

Weitere Information#

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken (nach dem Workshop)#

• IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
• Port: 5432
• SQL-Server authentification
  • User: WORKSHOP
  • Password: available on request

Diversity Workbench Entwickler Plattform#

• DWB Support und training materials
• Diversity Workbench Information Models
• Diversity Workbench Software
• DiversityMobile App on Windows Phone Store
• Empfehlungen für Software-Entwickler

Diversity Workbench – empfohlen von der DFG und GFBio#

• DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

• GFBio recommended research data management mit DWB in 10 questions

Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum, GBIF Data Publisher und CETAF Data Provider#

• Archivierung and Publikation von Bio- und Geodiversitätsforschungsdaten, siehe Portfolios der GFBio Data Centers und Profile des Data Center SNSB

• GFBio Datentransfer von GFBio Research Data Submission Tool zum DWB-Datenmanagement und -archivierung am SNSB IT Center

• Datenpublikation, e.g., via DataCite, GFBio Datenportal und GFBio VAT Tool

• DWB BioCASe Data pipelines und RDF services mit Übersicht über Sammlungs- und Verbreitungsdaten bereitgestellt über SNSB und publiziert über diverse Datenportale

Virtuelle Umgebungen zum Sammlungsmanagement#

• an den SNSB, am SMNS, SMNK, ZFMK sowie DWB-Hosting für kleinere Sammlungen in Deutschland

Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#

• DWB Netzwerk an den SNSB

• Regionalised and Domain-specific Taxon Lists

• Flora von Bayern
  • aus DWB Daten dynamisch erzeugte Verbreitungskarten für in Bayern vorkommende Farn- und Blütenpflanzen
  • DWB Datenfluss Grafiken (Version 2015)
  • DiversityMobile im Einsatz
  • DWB Tabellen-Editor für TK25 Rasterdaten und Bayernflora-Editor im Einsatz
  • DiversityGISeditor im Einsatz
  • DiversityTaxonNames im Einsatz

• DiversityMobile – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung (IBF)

GBOL Data Transfer Applications#

• Lims2Fims und Lims2Fims documentation

• sync gbol data und sync gbol data documentation

Literaturempfehlung allgemein#

DiSSCo Knowledge Base Dokumente

FAIR Principles Special Issue 2019: 1–296.

DiSSCo Digital Specimen Concept Diagram (Lannom et al. 2020, Figure 2) for download, see here

DiSSCo Tech: Natural Science Identifiers and CETAF Stable Identifiers

Minimum Information about a Digital Specimen (MIDS): here

GeoCASe – Geosciences Collection Access Service with ABCDEF XML Schema

Borsch T, Stevens A-D, Häffner E, Güntsch A, Berendsohn WG, Appelhans MS, Barilaro C, Beszteri B, Blattner FR, Bossdorf O, Dalitz H, Dressler S, Duque-Thüs R, Esser H-J, Franzke A, Goetze D, Grein M, Grünert U, Hellwig F, Hentschel J, Hörandl E, Janßen T, Jürgens N, Kadereit G, Karisch T, Koch MA, Müller F, Müller J, Ober D, Porembski S, Poschlod P, Printzen C, Röser M, Sack P, Schlüter P, Schmidt M, Schnittler M, Scholler M, Schultz M, Seeber E, Simmel J, Stiller M, Thiv M, Thüs H, Tkach N, Triebel D, Warnke U, Weibulat T, Wesche K, Yurkov A, Zizka G 2020. A complete digitization of German herbaria is possible, sensible and should be started now. – Research Ideas and Outcomes 6: e50675. doi.org/10.3897/rio.6.e50675

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