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Sechsundzwanzigster Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB, veranstaltet in Kooperation mit dem DFG-Verbundprojekt German Federation for Biological Data (GFBio)#

Thema: Allgemeine Einführung in die DWB: Fokus Datenmanangement in Projekten zum Artenmonitoring sowie Management von Trait-Daten

An der Organisation und Durchführung des Workshops beteiligtes Team: D. Triebel, M. Weiss, D. Neubacher, W. Reichert, T. Weibulat, A. Link, V. Sanz und C. J. Monje, SMNS

Organisatorisches #

• Ansprechpartner (Anmeldung, Anreise etc.): I. Sebek, T. Weibulat

• Ort: Botanische Staatssammlung München, Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 139

• Anreise
  • vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
  • vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.

• Zeit: 19.10.2015, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.30 Uhr
• Mittagspause: ca. 13.00 Uhr bis 13.45 Uhr
• Kaffeepause: ca. 15.00 Uhr bis 15.15 Uhr
• Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)

Arbeitsprogramm#

Thema ist das Management von verschiedenen Typen von primären Daten v. a. aus Monitoringprojekten, das Management von Merkmalsdaten zu Organismen, Trait-Daten, geographische Daten zu Beobachtungsereignissen und Sammlungsobjekten sowie Vokabularien/ Taxonomien in DWB-Applikationen. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop/ PC wird auch die Dateneingabe über die Smartphone App "DiversityMobile" demonstriert.

• 10.00 Uhr Diversity Workbench – Einführung (D. Triebel)
• 10.30 Uhr Einführung in und Arbeiten mit "DiversityCollection", anhand von Beispielen aus Monitoringprojekten; siehe auch DC-Manual (pdf) (M. Weiss)
• 11.45 Uhr DiversityDescriptions: DD 3.0: Management von Artbeschreibungen, ökologischen Parametern, Matrixdaten und Sequenzdaten mit Software-Demonstration; siehe auch DD-Manual (pdf) (D. Triebel, A. Link)
• 13.00 Uhr Mittagspause
• 13.45 Uhr Datenaustausch: Arbeiten mit dem DC-Import-Wizard und einer DWB-Exportschnittstelle mit Beispielen aus Monitoringprojekten (M. Weiss)
• 14.30 Uhr Kurze Vorstellung der Möglichkeiten mobiler Datenerfassung mit der DWB, mit Schwerpunkt auf "DiversityMobile" (T. Weibulat)
• 15.00 Uhr Kaffeepause
• 15.15 Uhr Vorstellung von "DiversityGISeditor", "DiversitySamplingPlots" und "DiversityGazetteers" zur Erzeugung, Management und Verwendung von Geo-Daten (W. Reichert)
• 16.15 Uhr Kurze Vorstellung weiterer DWB-Module, z.B. "DiversityProjects", "DiversityTaxonNames", "DiversityReferences" und "DiversityScientificTerms" (M. Weiss)
• 17.30 Uhr Ende

Diversity Workbench Entwickler Plattform#

• Diversity Workbench Information Models
• Diversity Workbench Software
• DiversityMobile App on Windows Phone Store
• Empfehlungen für Software-Entwickler

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken#

• IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
• Port: 5432
• SQL-Server authentification
  • User: WORKSHOP
  • Password: available on request

Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#

• DWB Netzwerk an den SNSB

• Datenfluss Beobachtungsdaten Flora von Bayern

• Virtuelle Forschungsumgebung IBF

• DiversityMobile – Smartphone App (WindowsPhone)

Daten in DiversityCollection online#

• via GBIF Portal SNSB GBIF Data Publisher
• via BiNHum (prototype), BioCASE Europe, EDIT Portal, INCT/HV, JSTOR-GPI, VH/de
• 42 BioCase-Wrapper Dienste am SNSB IT-Zentrum
• 10 Webschnittstellen at the SNSB mit Zugriff auf Daten via DiversityCollectionCache
• other interfaces, e.g., via GBOL

Daten in DiversityTaxonNames online#

• via Catalogue of Life/ Annual/Dynamic Checklist Portal: Source databases "GSDs" LIAS und MELnet

• via Webschnittstellen und SOAP/REST Webdienste mit Zugriff auf DTN Datenbanken:
  • LIAS names
  • Melastomataceae.Net

• via Schnittstellen zum Download (in Bearbeitung) und REST Webservice zu Regionalisierten und domän-spezifischen Taxonlisten
  • Quellen und Beschreibung unter DTN Taxon Lists Services

Daten in DiversityExsiccatae online#

• via IndExs

Diversity Workbench – DFG recommended#

DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

Literatur zum Workshop#

Chapman, A. D. 2005. Principles and Methods of Data Cleaning – Primary Species and Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 72 pp. download

Chapman, A. D. 2005. Principles of Data Quality. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 58 pp. download

Chapman, A. D. 2005. Uses of Primary Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 106 pp. download

Chapman, A. D. & Grafton, O. 2008. Guide to Best Practices for Generalising Sensitive Species Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 21 pp. download

Chapman, A. D. & Wieczorek, J. 2006 (eds.). Biogeomancer, Guide to Best Practices in Georeferencing. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 80 pp. download

Frazier, C. K., Wall, J. & Grant, S. 2008. Initiating a Natural History Collection Digitisation Project, version 1.0. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 75 pp. download

Gray, J., Liu, D. T., Nieto-Santisteban, M., Szalay, A. S., DeWitt, D. & Heber, G. 2005. Scientific Data Management in the Coming Decade. – Technical Report MSR-TR-2005-10. – 8 pp. download

Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. download

Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. download

Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. doi: 10.3897/mycokeys.8.6605 download.

Tegelberg, R., Mononen, T. & Saarenmaa, H. 2014. High-performance digitization of natural history collections: Automated imaging lines for herbarium and insect specimens. – Taxon 63(6): 1307–1313. – http://dx.doi.org/10.12705/636.13

Tewksbury, J. et al. 2014. Natural History’s Place in Science and Society. - BioScience, biu032. download

Triebel, D. 2009. Pilzherbarien – Neue Aufgaben im Bereich Biodiversitätsinformatik und Datenmanagement. – In Anonymous (ed.), Rundgespräche der Kommission für Ökologie, herausgegeben von der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Band 37: Ökologische Rolle von Pilzen. – 131–145. München. download

Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302 download

Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.

Triebel, D., Weibulat, T. & Bensch, K. 2014. Sammlungsschätze online – Schritte zur Virtuellen Naturhistorischen Sammlung. – Natur im Museum. – Mitteilungen der Fachgruppe Naturwissenschaftliche Museen im Deutschen Museumsbund 4: 31–35. download.

Walls, R. L. et al. 2014. Semantics in Support of Biodiversity Knowledge Discovery: An Introduction to the Biological Collections Ontology and Related Ontologies – PLOS ONE 9(3): 1–13. download

Wieczorek, J., Guo, Q. & Hijmans, R. J. 2004. The point-radius method for georeferencing locality descriptions and calculating associated uncertainty. Int. J. Geographical Information Science 18(8): 747–767 download

Papers "Towards a global strategy and action plant for discovery and publishing of natural history collections data" – 2010#

Papers on a GBIF-supported "Data publishing framework for primary biodiversity data" – 2011#

Papers on "Mass digitization of natural history collections" – 2012#