UPCOMING WORKSHOPS

Vierundzwanzigster Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB#

Thema: Allgemeine Einführung in die DWB

An der Durchführung des Workshops beteiligtes Team: D. Triebel, M. Weiss, D. Neubacher, W. Reichert, T. Weibulat, A. Link, V. Sanz

Organisatorisches #

  • Anreise
    • vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
    • vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
  • Zeit: 2.12.2014, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.30 Uhr
  • Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.30 Uhr
  • Kaffeepause: ca. 14.45 Uhr bis 15.00 Uhr
  • Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)

Arbeitsprogramm#

Thema ist das Management von verschiedenen Typen von primären Biodiversitätsforschungsdaten, kontextuelle Daten zu Sammlungsobjekten und Vokabularien/ Taxonomien in DWB-Applikationen. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop/ PC wird auch die Dateneingabe über die Smartphone App "DiversityMobile" demonstriert.

  • 10.00 Uhr Diversity Workbench – Systemdesign, Datenflüsse und Datenbank-Infrastruktur für drittmittelgeförderte Forschungsprojekte(info) (D. Triebel)
  • 10.30 Uhr Kurze Vorführung der Diversity Workbench mit ihren 13 Datenbank-Komponenten; Einführung in "DiversityCollection" anhand des DC-Manuals (pdf) (M. Weiss)
  • 11.15 Uhr DiversityDescriptions: DD 3.0(info) mit Software-Demonstration (D. Triebel, A. Link)
  • 12.00 Uhr Kurze Vorstellung der Möglichkeiten mobiler Datenerfassung(info) mit der DWB, mit Schwerpunkt auf "DiversityMobile" (T. Weibulat)
  • 12.30 Uhr Mittagspause mit anschließender Kurzdemo im Botanischen Garten: "DiversityMobile" auf Smartphone und "DiversityCollection" auf Tablet PC (V. Sanz, T. Weibulat)
  • 13.30 Uhr Arbeiten mit "DiversityCollection" (M. Weiss)
  • 14.45 Uhr Kaffeepause
  • 15.00 Uhr Datenaustausch: Arbeiten mit dem DC-Import-Wizard und einer DWB-Exportschnittstelle (M. Weiss)
  • 15.45 Uhr Vorstellung von "DiversityGISeditor", "DiversitySamplingPlots" und "DiversityGazetteers" (W. Reichert)
  • 16.30 Uhr Einführung in und Arbeiten mit weiteren DWB-Modulen, z.B. "DiversityProjects", "DiversityTaxonNames" (anhand des DTN-Manuals (pdf; Erstellung und Pflege von Taxonreferenzlisten), "DiversityReferences" und "DiversityScientificTerms" (M. Weiss)
  • 17.30 Uhr Ende

Teilnehmer Institut Fachgebiet
Tina Leistner Universität Bayreuth Mykologie
Katrin Greiner Universität Bayreuth Mykologie
Jörg Spelda Zoologische Staatssammlung München Zoologie, Myriapoda
Stefan Seifert SNSB IT-Zentrum, München Biodiversitätsinformatik
Stefano De Felici Universität Tor Vergata, Rom Biodiversitätsinformatik
Björn Quast Niedersächsische Staats- und Universitätsbibliothek (SUB) Göttingen Zoologie
Philipp Meinecke Landschaftserhaltungsverband Breisgau-Hochschwarzwald e.V., Freiburg Biologie, Landschaftsschutz
Mareike Schlaeger Landschaftserhaltungsverband Breisgau-Hochschwarzwald e.V., Freiburg Biologie, Landschaftsschutz
Hajo Esser Botanische Staatssammlung München Botanik
Alexander Rockinger Ludwig-Maximilian-Universität München Botanik
Linda Leabo Université Felix Houphouet Boigny, Cocody Abidjan (Elfenbeinküste) und Universität Bonn, WASCAL Mykologie

Diversity Workbench Entwickler Plattform#

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken#

  • IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
  • Port: 5432
  • SQL-Server authentification
    • User: WORKSHOP
    • Password: available on request

Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#

Daten in DiversityCollection online#

Daten in DiversityTaxonNames online#

Diversity Workbench – DFG recommended#

DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

Literatur zum Workshop#

Chapman, A. D. 2005. Principles and Methods of Data Cleaning – Primary Species and Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 72 pp. download

Chapman, A. D. 2005. Principles of Data Quality. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 58 pp. download

Chapman, A. D. 2005. Uses of Primary Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 106 pp. download

Chapman, A. D. & Grafton, O. 2008. Guide to Best Practices for Generalising Sensitive Species Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 21 pp. download

Chapman, A. D. & Wieczorek, J. 2006 (eds.). Biogeomancer, Guide to Best Practices in Georeferencing. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 80 pp. download

Frazier, C. K., Wall, J. & Grant, S. 2008. Initiating a Natural History Collection Digitisation Project, version 1.0. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 75 pp. download

Gray, J., Liu, D. T., Nieto-Santisteban, M., Szalay, A. S., DeWitt, D. & Heber, G. 2005. Scientific Data Management in the Coming Decade. – Technical Report MSR-TR-2005-10. – 8 pp. download

Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. download

Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. download

Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. doi: 10.3897/mycokeys.8.6605 download.

Tegelberg, R., Mononen, T. & Saarenmaa, H. 2014. High-performance digitization of natural history collections: Automated imaging lines for herbarium and insect specimens. – Taxon 63(6): 1307–1313. – http://dx.doi.org/10.12705/636.13

Tewksbury, J. et al. 2014. Natural History’s Place in Science and Society. - BioScience, biu032. download

Triebel, D. 2009. Pilzherbarien – Neue Aufgaben im Bereich Biodiversitätsinformatik und Datenmanagement. – In Anonymous (ed.), Rundgespräche der Kommission für Ökologie, herausgegeben von der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Band 37: Ökologische Rolle von Pilzen. – 131–145. München. download

Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302 download

Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.

Triebel, D., Weibulat, T. & Bensch, K. 2014. Sammlungsschätze online – Schritte zur Virtuellen Naturhistorischen Sammlung. – Natur im Museum. – Mitteilungen der Fachgruppe Naturwissenschaftliche Museen im Deutschen Museumsbund 4: 31–35. download.

Walls, R. L. et al. 2014. Semantics in Support of Biodiversity Knowledge Discovery: An Introduction to the Biological Collections Ontology and Related Ontologies – PLOS ONE 9(3): 1–13. download

Wieczorek, J., Guo, Q. & Hijmans, R. J. 2004. The point-radius method for georeferencing locality descriptions and calculating associated uncertainty. Int. J. Geographical Information Science 18(8): 747–767 download

Papers "Towards a global strategy and action plant for discovery and publishing of natural history collections data" – 2010#

Papers on a GBIF-supported "Data publishing framework for primary biodiversity data" – 2011#

Papers on "Mass digitization of natural history collections" – 2012#