UPCOMING WORKSHOPS

35. Diversity Workbench Workshop am IT-Zentrum der SNSB#

Thema: DWB Werkzeuge zur Datentransformation und Datenpublikation

Der Workshop richtet sich in erster Linie an DWB Datenbank-Administratoren und Fachdatenkuratoren größerer Datenrepositorien und Forschergruppen, die die vorgestellten Tools bereits einsetzen oder in Zukunft einsetzen wollen.

Im Workshop werden Szenarien mit Bezug zu GFBio und Bayernflora Datenportal BIB adressiert.

An der Organisation und Durchführung des Workshops beteiligtes Team

Organisatorisches#

  • Anreise
    • vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Tram- und Metrobusnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
    • vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das Tram- und Metrobusnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
  • Zeit: 18.09.2018, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.00 Uhr
  • Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.15 Uhr
  • Kaffeepause: ca. 15.00 Uhr bis 15.30 Uhr
  • Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)

(um einen Unkostenbeitrag von € 15 wird gebeten)

Arbeitsprogramm#

Thema ist das Arbeiten mit DWB Werkzeugen zur Datentransformation und Datenpublikation. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten.

  • 10.00 Uhr Diversity Workbench – Allgemeine Einführung(info) (D. Triebel)
  • 10.30 Einführung in die Diversity Workbench Rich Clients und Konzepte des Datenmanagements (M. Weiss)
  • 11.00 Uhr Kuration von (Meta-)Daten mit DiversityProjects (z.B. in Desktop-Installation bei Forschern) mit Upload als CSV im GFBio Submission Portal für die Archivierung in GFBio Data Centers (W. Reichert, T. Weibulat)
  • 11.30 Uhr DWB BioCASe Datenpipeline für Biodiversitäts- und Sammlungsdaten aus DiversityCollection nach GFBio (Suchportal und VAT Tool) (M. Weiss, T. Weibulat)
  • 12.30 Uhr Mittagspause
  • 13.15 Uhr DWB Datentransformation zur Datenpublikation von Bayernflora-Daten aus DiversityCollection im BIB Portal (M. Weiss, M. Ruff)
  • 13.45 Uhr DWB DiversityDescriptions Datenpipeline nach GFBio (unter Einbeziehung von Metadaten aus DiversityProjects) (A. Link, T. Weibulat)
  • 15.00 Uhr Kaffeepause
  • 15.30 Uhr Prozessierung von DWB Daten für CETAF Identifiers REST Service an den SNSB (S. Seifert, D. Triebel)
  • 16.00 Uhr Transformation von DiversityTaxonNames Checklisten zur Publikation via DTN REST Web Services, GFBio Terminologie-Server und GBIF (T. Weibulat)
  • 16.20 Uhr Publikation der Bayerischen TaxRef Liste mit Export als Excel file (W. Diewald, M. Ruff)
  • 16.40 Uhr Diskussion
  • 17.00 Uhr Ende

Teilnehmer Institut Fachgebiet
Melanie Kaliwoda Mineralogische Staatssammlung München Mineralogie
Aliaksandra Rost Mineralogische Staatssammlung München Mineralogie

Diversity Workbench Entwickler Plattform#

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken#

  • IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
  • Port: 5432
  • SQL-Server authentification
    • User: WORKSHOP
    • Password: available on request

Diversity Workbench – empfohlen von DFG und GFBio#

DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

GFBio recommended research data management mit DWB in 10 questions

GFBio guided research data submission mit DWB

Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum#

Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile#

  • DiversityMobile – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung (IBF)

GBOL Data Transfer Applications#

Literatur zum Workshop#

ARPHA Writing tool under https://arpha.pensoft.net/ and http://arphahub.com/; import of species descriptions via XML/API?

Dallmeier-Tiessen, S., Khodiyar, V., Murphy, F., Nurnberger, A., Raymond, L. & Whyte, A. 2017. Connecting Data Publication to the Research Workflow: A Preliminary Analysis, International Journal of Digital Curation (IJDC), Vol 12, No 1, 2017, doi.org/10.2218/ijdc.v12i1.533

Diederich, J. 1997. Basic properties for biological databases: Character development and support. 25(10): 109-127. https://doi.org/10.1016/S0895-7177(97)00078-2. download

Diepenbroek, M., Glöckner, F., Grobe, P., Güntsch, A., Huber, R., König-Ries, B., Kostadinov, I., Nieschulze, J., Seeger, B.; Tolksdorf, R., & Triebel, D. 2014. Towards an Integrated Biodiversity and Ecological Research Data Management and Archiving Platform: The German Federation for the Curation of Biological Data (GFBio). – In: Plödereder, E., Grunske, L., Schneider, E. & Ull, D. (eds): Informatik 2014 – Big Data Komplexität meistern. GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) – Proceedings 232: 1711-1724. Köllen Verlag, Bonn.

Hodson, J. et al. 2018. FAIR Data Action Plan. Interim recommendations and actions from the European Commission Expert Group on FAIR data. – https://doi.org/10.5281/zenodo.1285290

Hodson, J. et al. 2018. Turning FAIR data into reality. Interim report of the European Commission Expert Group on FAIR data. – https://doi.org/10.5281/zenodo.1285272

Mons, B., Neylon, C., Velterop, J., Dumontier, M., Bonino da Silva Santos, L. O. & Wilkinson, M. D. 2017. Cloudy, increasingly FAIR; revisiting the FAIR Data guiding principles for the European Open Science Cloud. Information Services & Use 37(1): 49-56. DOI: 10.3233/ISU-170824, (download)

Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Link, A., Glöckner, F.O. & Triebel, D. 2018. MOD-CO schema – a conceptual schema for processing sample data in meta’omics research (version 1.0). http://mod-co.net/wiki/MOD-CO_Schema_Reference.

Roche, D. G., Kruuk, L. E. B., Lanfear, R., & Binning, S. A. 2015. Public Data Archiving in Ecology and Evolution: How Well Are We Doing? – PLoS Biol 13(11): e1002295.

Sansone, S.-A., McQuilton, P., Rocca-Serra, P., Gonzalez-Beltran, A., Izzo, M., Lister, A. & Thurston, M. 2018. FAIRsharing: working with and for the community to describe and link data standards, repositories and policies. BioRxiv. doi.org/10.1101/245183> (preprint, not been peer-reviewed)

Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302 download

Triebel, D., Reichert, W., Bosert, S., Feulner, M., Osieko Okach, D., Slimani, A. & Rambold, G. 2018. A generic workflow for effective sampling of environmental vouchers with UUID assignment and image processing. – Database, 2018 (Article ID bax096), 1–10; see doi/10.1093/database/bax096/4797113

White, E. P., Baldridge, E., Brym, Z. T., Locey, K. J., McGlinn, D. J., Supp, S. R. 2013. Nine simple ways to make it easier to (re)use your data. – Ideas Ecol. Evol. 6(2): 1-10. doi:10.4033/iee.2013.6b.6.f. download.

Wilkinson, M. D. et al. 2016. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. – Sci. Data 3:160018 doi: 10.1038/sdata.2016.18. – (https://www.nature.com/articles/sdata201618). download