UPCOMING WORKSHOPS

Einundzwanzigster Diversity Workbench Workshop am IT Zentrum der SNSB in Kooperation mit DWB-Anwendern und GFBio

Thema: Management von biologischen Forschungsdaten aus drittmittel-geförderten Projekten in Deutschland

Team am SNSB IT-Zentrum: D. Triebel, M. Weiss, D. Neubacher, W. Reichert, T. Weibulat, M. Knick, A. Link, V. Sanz, W. Ahlmer

Organisatorisches

Arbeitsprogramm

Thema ist das Management von verschiedenen Typen von primären Biodiversitätsforschungsdaten und Vokabularien/ Taxonomien in DWB-Applikationen. Der Einsatz in drittmittel-geförderten Forschungsprojekten in Deutschland wird vorgestellt. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop/ PC wird auch die Dateneingabe über die Smartphone App "DiversityMobile" demonstriert. Eine Einführung in das System BExIS soll Bereiche zur direkten technischen Kooperation zwischen beiden Arbeitsplattformen identifizieren.

Teilnehmer Institut Fachgebiet
Roman Gerlach* Friedrich-Schiller-Universität Jena Informatik
Peter Grobe* Zoologisches Forschungsmuseum Alexander Koenig Biodiversitätsinformatik
Hubert Höfer* Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe Zoologie
Florian Raub* Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe Zoologie
Juan Carlos Monje Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart Entomologie
Maren Gleisberg Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin-Dahlem Landschaftsökologie, Umwelt- und Wissenschaftskommunikation
Juliane Steckel Tropenzentrum – CBL–SeTSAF, Georg-August-Universität Göttingen Ökologie
Janine Felden PANGAEA/MARUM, Universität Bremen Biologie, Datenmanagement
Ivaylo Kostadinov Jacobs University Bremen Bioinformatik
Frank Oliver Glöckner Max-Planck-Institute für Marine Mikrobiologie, Jacobs University Bremen Mikrobielle Genomik und Bioinformatik
Finn Viehberg Universität zu Köln Paläobiogeographie
Renate Matzke-Karasz Ludwig-Maximilians-Universität München Paläontologie
Sabrina Klaster Universität Bayreuth Molekulare Ökologie
Astrid Slizewski Georg-August-Universität Göttingen Anthropologie
Sigfrid Ingrisch Zoologisches Forschungsmuseum Alexander König Bonn Zoologie
Torsten Bernauer Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe Mykologie
Birgitta König-Ries Friedrich-Schiller-Universität Jena Informatik

Vortragende*

Diversity Workbench Entwickler Plattform

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken

Virtuelle Forschungsumgebung und Diversity Mobile

Daten in DiversityCollection online

Daten in DiversityTaxonNames online

Diversity Workbench – DFG recommended

DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

Literatur zum Workshop

Chapman, A. D. 2005. Principles and Methods of Data Cleaning – Primary Species and Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 72 pp. download

Chapman, A. D. 2005. Principles of Data Quality. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 58 pp. download

Chapman, A. D. 2005. Uses of Primary Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 106 pp. download

Chapman, A. D. & Grafton, O. 2008. Guide to Best Practices for Generalising Sensitive Species Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 21 pp. download

Chapman, A. D. & Wieczorek, J. 2006 (eds.). Biogeomancer, Guide to Best Practices in Georeferencing. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 80 pp. download

Frazier, C. K., Wall, J. & Grant, S. 2008. Initiating a Natural History Collection Digitisation Project, version 1.0. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 75 pp. download

Gray, J., Liu, D. T., Nieto-Santisteban, M., Szalay, A. S., DeWitt, D. & Heber, G. 2005. Scientific Data Management in the Coming Decade. – Technical Report MSR-TR-2005-10. – 8 pp. download

Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. download

Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. download

Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. doi: 10.3897/mycokeys.8.6605 pdf.

Triebel, D. 2009. Pilzherbarien – Neue Aufgaben im Bereich Biodiversitätsinformatik und Datenmanagement. – In Anonymous (ed.), Rundgespräche der Kommission für Ökologie, herausgegeben von der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Band 37: Ökologische Rolle von Pilzen. – 131–145. München. download

Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302 pdf

Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.

Triebel, D., Weibulat, T. & Bensch, K. 2014. Sammlungsschätze online – Schritte zur Virtuellen Naturhistorischen Sammlung. – Natur im Museum. – Mitteilungen der Fachgruppe Naturwissenschaftliche Museen im Deutschen Museumsbund 4: 31–35. download.

Walls, R. L. et al. 2014. Semantics in Support of Biodiversity Knowledge Discovery: An Introduction to the Biological Collections Ontology and Related Ontologies – PLOS ONE 9(3): 1–13. download

Wieczorek, J., Guo, Q. & Hijmans, R. J. 2004. The point-radius method for georeferencing locality descriptions and calculating associated uncertainty. Int. J. Geographical Information Science 18(8): 747–767 download

Papers "Towards a global strategy and action plant for discovery and publishing of natural history collections data" – 2010

Papers on a GBIF-supported "Data publishing framework for primary biodiversity data" – 2011

Papers on "Mass digitization of natural history collections" – 2012

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