UPCOMING WORKSHOPS

Einundzwanzigster Diversity Workbench Workshop am IT Zentrum der SNSB in Kooperation mit DWB-Anwendern und GFBio#

Thema: Management von biologischen Forschungsdaten aus drittmittel-geförderten Projekten in Deutschland

Team am SNSB IT-Zentrum: D. Triebel, M. Weiss, D. Neubacher, W. Reichert, T. Weibulat, M. Knick, A. Link, V. Sanz, W. Ahlmer

Organisatorisches #

  • Anreise
    • vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die Übersicht des Schnellbahnnetzes. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
    • vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das Innenraumnetz München und die MVV Fahrplanauskunft.
  • Zeit: 18.03.2014, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.30 Uhr
  • Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.30 Uhr
  • Kaffeepause: ca. 14.45 Uhr bis 15.00 Uhr
  • Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)

Arbeitsprogramm#

Thema ist das Management von verschiedenen Typen von primären Biodiversitätsforschungsdaten und Vokabularien/ Taxonomien in DWB-Applikationen. Der Einsatz in drittmittel-geförderten Forschungsprojekten in Deutschland wird vorgestellt. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop/ PC wird auch die Dateneingabe über die Smartphone App "DiversityMobile" demonstriert. Eine Einführung in das System BExIS soll Bereiche zur direkten technischen Kooperation zwischen beiden Arbeitsplattformen identifizieren.

Teilnehmer Institut Fachgebiet
Roman Gerlach* Friedrich-Schiller-Universität Jena Informatik
Peter Grobe* Zoologisches Forschungsmuseum Alexander Koenig Biodiversitätsinformatik
Hubert Höfer* Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe Zoologie
Florian Raub* Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe Zoologie
Juan Carlos Monje Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart Entomologie
Maren Gleisberg Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin-Dahlem Landschaftsökologie, Umwelt- und Wissenschaftskommunikation
Juliane Steckel Tropenzentrum – CBL–SeTSAF, Georg-August-Universität Göttingen Ökologie
Janine Felden PANGAEA/MARUM, Universität Bremen Biologie, Datenmanagement
Ivaylo Kostadinov Jacobs University Bremen Bioinformatik
Frank Oliver Glöckner Max-Planck-Institute für Marine Mikrobiologie, Jacobs University Bremen Mikrobielle Genomik und Bioinformatik
Finn Viehberg Universität zu Köln Paläobiogeographie
Renate Matzke-Karasz Ludwig-Maximilians-Universität München Paläontologie
Sabrina Klaster Universität Bayreuth Molekulare Ökologie
Astrid Slizewski Georg-August-Universität Göttingen Anthropologie
Sigfrid Ingrisch Zoologisches Forschungsmuseum Alexander König Bonn Zoologie
Torsten Bernauer Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe Mykologie
Birgitta König-Ries Friedrich-Schiller-Universität Jena Informatik

Vortragende*

Diversity Workbench Entwickler Plattform#

Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken#

  • IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
  • Port: 5432
  • SQL-Server authentification
    • User: WORKSHOP
    • Password: available on request

Virtuelle Forschungsumgebung und Diversity Mobile#

Daten in DiversityCollection online#

Daten in DiversityTaxonNames online#

Diversity Workbench – DFG recommended#

DFG RISources mit Diversity Workbench – Text DE

Literatur zum Workshop#

Chapman, A. D. 2005. Principles and Methods of Data Cleaning – Primary Species and Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 72 pp. download

Chapman, A. D. 2005. Principles of Data Quality. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 58 pp. download

Chapman, A. D. 2005. Uses of Primary Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 106 pp. download

Chapman, A. D. & Grafton, O. 2008. Guide to Best Practices for Generalising Sensitive Species Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 21 pp. download

Chapman, A. D. & Wieczorek, J. 2006 (eds.). Biogeomancer, Guide to Best Practices in Georeferencing. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 80 pp. download

Frazier, C. K., Wall, J. & Grant, S. 2008. Initiating a Natural History Collection Digitisation Project, version 1.0. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 75 pp. download

Gray, J., Liu, D. T., Nieto-Santisteban, M., Szalay, A. S., DeWitt, D. & Heber, G. 2005. Scientific Data Management in the Coming Decade. – Technical Report MSR-TR-2005-10. – 8 pp. download

Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. download

Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. download

Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. doi: 10.3897/mycokeys.8.6605 pdf.

Triebel, D. 2009. Pilzherbarien – Neue Aufgaben im Bereich Biodiversitätsinformatik und Datenmanagement. – In Anonymous (ed.), Rundgespräche der Kommission für Ökologie, herausgegeben von der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Band 37: Ökologische Rolle von Pilzen. – 131–145. München. download

Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – doi:10.3897/mycokeys.5.4302 pdf

Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.

Triebel, D., Weibulat, T. & Bensch, K. 2014. Sammlungsschätze online – Schritte zur Virtuellen Naturhistorischen Sammlung. – Natur im Museum. – Mitteilungen der Fachgruppe Naturwissenschaftliche Museen im Deutschen Museumsbund 4: 31–35. download.

Walls, R. L. et al. 2014. Semantics in Support of Biodiversity Knowledge Discovery: An Introduction to the Biological Collections Ontology and Related Ontologies – PLOS ONE 9(3): 1–13. download

Wieczorek, J., Guo, Q. & Hijmans, R. J. 2004. The point-radius method for georeferencing locality descriptions and calculating associated uncertainty. Int. J. Geographical Information Science 18(8): 747–767 download

Papers "Towards a global strategy and action plant for discovery and publishing of natural history collections data" – 2010#

Papers on a GBIF-supported "Data publishing framework for primary biodiversity data" – 2011#

Papers on "Mass digitization of natural history collections" – 2012#