__ → [UPCOMING WORKSHOPS|http://www.snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/Wiki.jsp?page=UpcomingWorkshops]__ !! 35. Diversity Workbench Workshop am [IT-Zentrum der SNSB|http://www.snsb.info] Thema: DWB Werkzeuge zur Datentransformation und Datenpublikation Der Workshop richtet sich in erster Linie an DWB Datenbank-Administratoren und Fachdatenkuratoren größerer Datenrepositorien und Forschergruppen, die die vorgestellten Tools bereits einsetzen oder in Zukunft einsetzen wollen. Im Workshop werden Szenarien mit Bezug zu __[GFBio|https://www.gfbio.org]__ und __[Bayernflora Datenportal BIB|http://daten.bayernflora.de/de/index.php]__ adressiert. An der Organisation und Durchführung des Workshops beteiligtes Team * [Dagmar Triebel|mailto:triebel@snsb.de], [Wolfgang Diewald|mailto:diewald@snsb.de], [Anton Link|mailto:link@snsb.de], [Wolfgang Reichert|mailto:reichert@snsb.de], [Marcel Ruff|mailto:ruff@snsb.de], [Stefan Seifert|mailto:seifert@snsb.de], [Tanja Weibulat|mailto:tweibulat@gfbio.org], [Markus Weiss|mailto:weiss@snsb.de] ! Organisatorisches * Ansprechpartner (Anreise etc.): [T. Weibulat|mailto:tweibulat@gfbio.org] ([GFBio e.V.|https://www.gfbio.org/gfbio_ev]) * Ort: [Botanische Staatssammlung München|http://www.botanischestaatssammlung.de], Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 138 * Anreise ** vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die [Übersicht des Schnellbahnnetzes|https://www.mvv-muenchen.de/plaene-bahnhoefe/plaene/index.html]. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das [Tram- und Metrobusnetz München|https://www.mvv-muenchen.de/plaene-bahnhoefe/plaene/index.html] und die [MVV Fahrplanauskunft|https://www.mvv-muenchen.de/fahrplanauskunft/index.html]. ** vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das [Tram- und Metrobusnetz München|https://www.mvv-muenchen.de/plaene-bahnhoefe/plaene/index.html] und die [MVV Fahrplanauskunft|https://www.mvv-muenchen.de/fahrplanauskunft/index.html]. * Zeit: __18.09.2018__, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.00 Uhr * Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.30 Uhr * Kaffeepause: ca. 15.00 Uhr bis 15.30 Uhr * Hardware: wird nicht benötigt, außer eine Installation der DWB-Clients direkt durch uns wird gewünscht (dann: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)) __(um einen Unkostenbeitrag von € 15 wird gebeten)__ ! Arbeitsprogramm Thema ist das Arbeiten mit DWB Werkzeugen zur Datentransformation und Datenpublikation. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. * 10.00 Uhr [Diversity Workbench – Allgemeine Einführung|Attachments/Triebel-DWBWorkshop-35_fin.pdf] (D. Triebel) * 10.30 Einführung in die Diversity Workbench Rich Clients und Konzepte des Datenmanagements (M. Weiss); ([Video 1: DWB Datenbearbeitung – Verknüpfung von Modulen|http://media.snsb.info/Tutorials/DiversityCollection/Editing/Modules/ModulVerbindung.wmv]; [Video 2: DWB Datenbearbeitung – Webservices|http://media.snsb.info/Tutorials/DiversityCollection/Editing/Modules/Webservices.wmv]) * 11.00 Uhr Kuration von (Meta-)Daten mit ''__DiversityProjects__'' (z.B. in Desktop-Installation bei Forschern) mit Upload als CSV im [GFBio Submission Portal|https://www.gfbio.org/data/submit] für die Archivierung in [GFBio Data Centers|https://www.gfbio.org/about/data-centers] (W. Reichert, T. Weibulat) * 11.30 Uhr DWB BioCASe Datenpipeline für Biodiversitäts- und Sammlungsdaten aus ''__DiversityCollection__'' nach GFBio ([Suchportal|https://www.gfbio.org/data/search] und [VAT Tool|https://www.gfbio.org/data/visualizeandanalyze]) (T. Weibulat, M. Weiss); ([Video: Übersicht DWB Cachedatenbanken zur Datenpublikation|http://media.snsb.info/Tutorials/DiversityCollection/Export/CacheDatabase/Uebersicht.wmv]) * 12.30 Uhr Mittagspause * 13.30 Uhr GIS-gestützte Optimierung und Transformation von Bayernflora-Daten zur Datenpublikation aus ''__DiversityCollection__'' im [BIB Portal|http://daten.bayernflora.de/de/index.php] (M. Ruff, M. Weiss) * 14.15 Uhr DWB ''__DiversityDescriptions__'' [Datenpipeline nach GFBio|Attachments/Weibulat-DWBWorkshop-35_DD.pdf] (unter Einbeziehung von Metadaten aus ''__DiversityProjects__'') (A. Link, T. Weibulat) * 15.00 Uhr Kaffeepause * 15.30 Uhr [Prozessierung von DWB Daten für CETAF Identifiers REST Service an den SNSB|Attachments/id-service-Workshop 2018.pdf] (S. Seifert, D. Triebel) * 16.00 Uhr [Transformation von ''__DiversityTaxonNames__'' Checklisten zur Publikation|Attachments/REST-Workshop 2018.pdf] via [DTN REST Web Services|http://services.snsb.info/DTNtaxonlists/rest/v0.1/static/api-doc.html], [GFBio Terminologie-Server|https://terminologies.gfbio.org/] und [GBIF|https://www.gbif.org/installation/1a540a73-a60d-4816-bff6-b1ac74b598c9] (S. Seifert, T. Weibulat) * 16.20 Uhr Publikation der [Bayerischen TaxRef Liste|http://wiki.bayernflora.de/web/Taxonomische_Referenzliste_der_Gef%C3%A4%C3%9Fpflanzen_Bayerns] mit Export als Excel file (W. Diewald, M. Ruff) * 16.40 Uhr Diskussion * 17.00 Uhr Ende || Teilnehmer || Institut || Fachgebiet | Melanie Kaliwoda | Mineralogische Staatssammlung München | Mineralogie | Birgit Klasen | Zoologisches Forschungsmuseum Alexander König Bonn | Zoologie | Iris Leininger | Botanische Staatssammlung München, SNSB IT Center | Biogeographie | Carlos Monje | Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart | Zoologie | Björn Quast | Zoologisches Forschungsmuseum Alexander König Bonn | Zoologie | Florian Raub | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Zoologie | Aliaksandra Rost | Mineralogische Staatssammlung München | Mineralogie | Jörg Spelda | Zoologische Staatssammlung München | Zoologie | Alexander Steckel | SUB Göttingen | GFBio Öffentlichkeitsarbeit ! Diversity Workbench Entwickler Plattform * [Training materials|http://diversityworkbench.net/Portal/Training_materials] * [Diversity Workbench Information Models|http://www.diversityworkbench.net/Portal/Information_models] * [Diversity Workbench Software|http://www.diversityworkbench.net/Portal/Software] * [DiversityMobile App on Windows Phone Store|http://www.windowsphone.com/de-de/store/app/diversitymobile/54215bc5-8640-40df-917d-ae718b7542f3] * [Empfehlungen für Software-Entwickler|http://diversityworkbench.net/Portal/Recommendations_for_developers] * [DWB User Manuals|http://diversityworkbench.net/Portal/DWB_user_manuals] with [DWB Video Tutorials in German|http://diversityworkbench.net/Portal/Diversity_Workbench_Video_Tutorials] ! Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken * IP-Adresse: training.diversityworkbench.de * Port: 5432 * SQL-Server authentification ** User: WORKSHOP ** Password: available on request ! Diversity Workbench – empfohlen von DFG und GFBio [DFG RISources|http://risources.dfg.de] mit [Diversity Workbench – Text DE|http://risources.dfg.de/detail/RI_00170_de.html] [GFBio recommended research data management|https://www.gfbio.org/data/tools] mit DWB in 10 questions [GFBio guided research data submission|http://www.gfbio.org/submit] mit DWB ! Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum, GBIF Data Publisher und CETAF Data Provider * Archivierung and Publikation von Bio- und Geodiversitätsforschungsdaten, siehe [Portfolios der GFBio Data Centers|http://www.gfbio.org/about/data-centers] und [Profile des Data Center SNSB|http://www.gfbio.org/snsb] * [DWB BioCASe Data pipelines und RDF services|http://www.snsb.info/dwb_biocase.html] with [overview on occurrence datasets published via SNSB|http://www.snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/Wiki.jsp?page=BioCASeWrapperSNSB] ! Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile * [DWB Netzwerk an den SNSB|http://diversityworkbench.net/Portal/DWB_network_and_installations:_Real_life_examples] * [MOD-CO Projekt|http://www.mod-co.net/wiki/Main_Page] mit [MOD-CO Schema|http://www.mod-co.net/wiki/Schema_Representations] und [Use Cases für das MOD-CO Schema (im Aufbau)|http://www.mod-co.net/wiki/Implementations] * [DiversityMobile|http://www.diversitymobile.net/wiki/DiversityMobile_WP] – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung ([IBF|http://www.diversitymobile.net/wiki/IBF_Project]) * [Flora von Bayern|http://wiki.bayernflora.de] ** aus DWB Daten dynamisch erzeugte [Verbreitungskarten für in Bayern vorkommende Farn- und Blütenpflanzen|http://daten.bayernflora.de/de/info_pflanzen.php] ** [DWB Datenfluss Grafiken|http://wiki.bayernflora.de/web/Datenfluss_─_Flora_von_Bayern] (Version 2015) ** [DiversityMobile im Einsatz|http://wiki.bayernflora.de/web/GPS_genaue_BFL_Ergänzungskartierungen_2017] ** [DiversityGISeditor im Einsatz|http://wiki.bayernflora.de/web/Raumbezogene_Feldforschung_zum_Vorkommen_von_Pflanzen_im_nördlichen_Ostbayern,_1945_bis_1991] ** [DiversityTaxonNames im Einsatz|http://wiki.bayernflora.de/web/Taxonomische_Referenzliste_der_Gef%C3%A4%C3%9Fpflanzen_Bayerns] * [Regionalised and Domain-specific Taxon Lists|http://services.snsb.info/DTNtaxonlists/rest/v0.1/static/api-doc.html] ! GBOL Data Transfer Applications * [Lims2Fims|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/tree/master/Lims2Fims] und [Lims2Fims documentation|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/wiki/LIMS2FIMS] * [sync gbol data|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/tree/master/sync_gbol_data] und [sync gbol data documentation|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/wiki] ! Literatur zum Workshop Dallmeier-Tiessen, S., Khodiyar, V., Murphy, F., Nurnberger, A., Raymond, L. & Whyte, A. 2017. Connecting Data Publication to the Research Workflow: A Preliminary Analysis, International Journal of Digital Curation (IJDC), Vol 12, No 1, 2017, [doi.org/10.2218/ijdc.v12i1.533|https://doi.org/10.2218/ijdc.v12i1.533] David, J., Garrity, G.M., Greuter, W., Hawksworth, D. L., Jahn, R., Kirk, P. M., McNeill, J., Michel, E., Knapp, S., Patterson, D. J., Tindall, B. J., Todd, J. A., van Tol, J. & Turland, N. J. 2012. Biological nomenclature terms for facilitating communication in the naming of organisms. – ZooKeys 192: 67-72. https://zookeys.pensoft.net/article/2774/; doi: 10.3897/zookeys.192.3347; – [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3349063/] Diepenbroek, M., Glöckner, F., Grobe, P., Güntsch, A., Huber, R., König-Ries, B., Kostadinov, I., Nieschulze, J., Seeger, B.; Tolksdorf, R., & Triebel, D. 2014. Towards an Integrated Biodiversity and Ecological Research Data Management and Archiving Platform: The German Federation for the Curation of Biological Data (GFBio). – In: Plödereder, E., Grunske, L., Schneider, E. & Ull, D. (eds): Informatik 2014 – Big Data Komplexität meistern. GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) – Proceedings 232: 1711-1724. Köllen Verlag, Bonn. Gehring, P. 2018. Viele Fronten. Forschungsdatenmanagement als Ermöglichungspolitik. Forschung & Lehre 9/2018: 754-756. – [https://www.forschung-und-lehre.de/viele-fronten-985/] GBIF News 2018. Adding-sequence-based-identifiers-to-backbone-taxonomy-reveals-dark-taxa-fungi. – [https://www.gbif.org/news/2LrgV5t3ZuGeU2WIymSEuk/adding-sequence-based-identifiers-to-backbone-taxonomy-reveals-dark-taxa-fungi] Gramelsberger, G. & Müller, M. 2018. Datengetriebene Forschung. Ein Beitrag aus wissenschaftlicher Perspektive. Forschung & Lehre 9/2018: 758-760. – [https://www.wissenschaftsmanagement-online.de/beitrag/datengetriebene-forschung-ein-beitrag-aus-wissenschaftsreflexiver-perspektive-9347] Hodson, J. et al. 2018. FAIR Data Action Plan. Interim recommendations and actions from the European Commission Expert Group on FAIR data. – [https://doi.org/10.5281/zenodo.1285290] Hodson, J. et al. 2018. Turning FAIR data into reality. Interim report of the European Commission Expert Group on FAIR data. – [https://doi.org/10.5281/zenodo.1285272] Mons, B., Neylon, C., Velterop, J., Dumontier, M., Bonino da Silva Santos, L. O. & Wilkinson, M. D. 2017. Cloudy, increasingly FAIR; revisiting the FAIR Data guiding principles for the European Open Science Cloud. Information Services & Use 37(1): 49-56. DOI: 10.3233/ISU-170824, ([download|http://content.iospress.com/download/information-services-and-use/isu824?id=information-services-and-use/isu824]) Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Link, A., Glöckner, F.O. & Triebel, D. 2018. MOD-CO schema – a conceptual schema for processing sample data in meta’omics research (version 1.0). [http://mod-co.net/wiki/MOD-CO_Schema_Reference]. Roche, D. G., Kruuk, L. E. B., Lanfear, R., & Binning, S. A. 2015. Public Data Archiving in Ecology and Evolution: How Well Are We Doing? – PLoS Biol 13(11): e1002295. Sansone, S.-A., McQuilton, P., Rocca-Serra, P., Gonzalez-Beltran, A., Izzo, M., Lister, A. & Thurston, M. 2018. FAIRsharing: working with and for the community to describe and link data standards, repositories and policies. BioRxiv. [doi.org/10.1101/245183>|https://doi.org/10.1101/245183] (preprint, not been peer-reviewed) Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – [doi:10.3897/mycokeys.5.4302|http://www.pensoft.net/journals/mycokeys/article/4302/] [download|http://www.pensoft.net/J_FILES/19/articles/4302/4302-G-3-layout.pdf] Triebel, D., Reichert, W., Bosert, S., Feulner, M., Osieko Okach, D., Slimani, A. & Rambold, G. 2018. A generic workflow for effective sampling of environmental vouchers with UUID assignment and image processing. – Database, 2018 (Article ID bax096), 1–10; see [doi/10.1093/database/bax096/4797113|https://academic.oup.com/database/article-abstract/doi/10.1093/database/bax096/4797113] White, E. P., Baldridge, E., Brym, Z. T., Locey, K. J., McGlinn, D. J., Supp, S. R. 2013. Nine simple ways to make it easier to (re)use your data. – Ideas Ecol. Evol. 6(2): 1-10. doi:10.4033/iee.2013.6b.6.f. [download|https://www.researchgate.net/publication/270061735_Nine_simple_ways_to_make_it_easier_to_reuse_your_data]. Wilkinson, M. D. et al. 2016. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. – Sci. Data 3:160018 doi: 10.1038/sdata.2016.18. – ([https://www.nature.com/articles/sdata201618]). [download|https://www.nature.com/articles/sdata201618.pdf]