__ → [UPCOMING WORKSHOPS|http://www.snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/Wiki.jsp?page=UpcomingWorkshops]__

!! 34. Diversity Workbench Workshop am [IT-Zentrum der SNSB|http://www.snsb.info]

Thema: DWB Werkzeuge für ökologisch arbeitende Forschungsgruppen und -projekte

* Verwaltung von forschungsprojekt- und datensammlungs-bezogenen (Meta-)Daten mit ''__DiversityProjects__'', Integration in GFBio Daten-Pipelines

* Projektarbeit und Datenerhebung im Gelände, verschiedene Workflows, a) mit ''__DiversityImageInspector__'', b) mit ''__DiversityMobile__''

* Projektarbeit und Management von ökologischen Traitdaten und phylogenetischen Merkmalsdaten mit ''__DiversityDescriptions__''

* Projektarbeit und Datenmanagement im Labor mit ''__DiversityDescriptions__''

* ''__DiversityDescriptions__'' als Werkzeug zur Entwicklung und Verwaltung von komplex strukturierten Konzept-Schemata

 

Im Workshop werden Szenarien mit Bezug zu [GFBio|http://www.gfbio.org], [MOD-CO|http://www.mod-co.net/wiki/Main_Page] und [ARAMOB|http://www.aramob.de/web/Hauptseite] adressiert.

 

An der Organisation und Durchführung des Workshops beteiligtes Team

* aus München: [Dagmar Triebel|mailto:triebel@bsm.mwn.de], [Anton Link|mailto:link@bsm.mwn.de], [Wolfgang Reichert|mailto:reichert@bsm.mwn.de], [Tanja Weibulat|mailto:weibulat@bsm.mwn.de], [Markus Weiss|mailto:weiss@bsm.mwn.de]

* aus Bayreuth, UBT, Abt. Mykologie: [Janno Harjes|mailto:Janno.Harjes@uni-bayreuth.de], [Daniel Osieko Okach|mailto:kosieko@googlemail.com]

* aus Karlsruhe, Museum für Naturkunde [Florian Raub|mailto:florian.raub@smnk.de]

* aus Stuttgart, Museum für Naturkunde, Abt. Entomologie [Ingo Wendt|mailto:ingo.wendt@smns-bw.de]

 

''Anmerkung: Interessenten an der DWB-Datenbank __DiversityCollection__ und anderen DWB Applikationen wie DiversityTaxonNames und DiversityGisEditor können sich für einen nächsten Workshop, Mitte 2018, anmelden.''

 

! Organisatorisches

 

* Ansprechpartner (Anreise etc.): [W. Reichert|mailto:reichert@bsm.mwn.de]

* Ort: [Botanische Staatssammlung München|http://www.botanischestaatssammlung.de], Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 138

* Anreise
** vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die [Übersicht des Schnellbahnnetzes|http://www.mvv-muenchen.de/fileadmin/media/Dateien/4_Service/dokumente/downloadbereich/schnellbahn-netzplan2011.pdf]. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das [Innenraumnetz München|http://www.mvv-muenchen.de/fileadmin/media/Dateien/plaene/pdf/innenraum_Metrobus_27.04.2012.pdf] und die [MVV Fahrplanauskunft|http://www.mvv-muenchen.de/de/startseite/index.html].
** vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das [Innenraumnetz München|http://www.mvv-muenchen.de/fileadmin/media/Dateien/plaene/pdf/innenraum_Metrobus_27.04.2012.pdf] und die [MVV Fahrplanauskunft|http://www.mvv-muenchen.de/de/startseite/index.html].

* Zeit: __26.04.2018__, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.00 Uhr
* Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.15 Uhr
* Kaffeepause: ca. 15.00 Uhr bis 15.30 Uhr

* Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert)

__(um einen Unkostenbeitrag von € 15 wird gebeten)__

! Arbeitsprogramm

Thema ist das Management von Daten mit DWB Werkzeugen für ökologisch arbeitende Forschungsgruppen und -projekte. Dabei werden auch Fragen der Interoperabiliät und des Datenaustauschs behandelt. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop wird auch die Dateneingabe über ein Smartphone mit der ''DiversityMobile''-App demonstriert.

 

* 10.00 Uhr [Diversity Workbench – Einführung|Attachments/Triebel-DWBWorkshop-34_fin.pdf] (D. Triebel)
* 10.30 Uhr Einführung in und Arbeiten mit ''DiversityProjects'' (=DP), Verwaltung von forschungsprojekt- und datensammlungs-bezogenen (Meta-)Daten; Vorbereitung von Datenpaketen (mit (Meta-)Daten aus ''DiversityProjects'', ''DiversityCollection'' und anderen DWB-Modulen) für die Integration in GFBio Pipelines zur Datenpublikation (T. Weibulat, M. Weiss)
* 11.30 Uhr [Vorstellung von ''DiversityImageInspector''|http://www.snsb.info/SNSBwiki/attach/DivWorkbenchWorkshop_34/DiversityImageInspector%20field%20sampling_2018-04-26_fin.pdf] (W. Reichert, D. Osieko Okach)
* 12.00 Uhr [Möglichkeiten mobiler Datenerfassung mit der DWB|Attachments/Weibulat_MobileDatenerfassung_DWB-Workshop24_Wiki.pdf], mit Schwerpunkt auf ''DiversityMobile'' (T. Weibulat)
* 12.30 Uhr Mittagspause
* 13.15 Uhr ''DiversityDescriptions'': Einführung (A. Link)
** Konzept und Grundfunktionen
** Demo von Import- und Export-Möglichkeiten
** Beispiele aus Trainingsumgebung
* 14.30 Uhr [''DiversityDescriptions'': Projektarbeit und Management von ökologischen Traitdaten, Interaktion mit anderen DWB-Modulen|http://www.snsb.info/SNSBwiki/attach/DivWorkbenchWorkshop_34/AraMob_DWB-Workshop-34_2018-04-26_fin.pdf] (F. Raub)
* 15.00 Uhr Kaffeepause
* 15.30 Uhr ''DiversityDescriptions'': Projektarbeit und Management von phylogenetischen Merkmalsdaten, Artbeschreibungen, interaktive Schlüssel, Publikationen (I. Wendt) 
* 16.00 Uhr [''DiversityDescriptions'': Werkzeug zur Entwicklung und Verwaltung von komplex strukturierten Konzept-Schemata|http://www.snsb.info/SNSBwiki/attach/DivWorkbenchWorkshop_34/DiversityDescriptions_MOD-CO_Schema_2018-04-26_fin.pdf] (J. Harjes, A. Link)
* 16.25 Uhr [''DiversityDescriptions'': Projektarbeit und Datenmanagement im Labor|http://www.snsb.info/SNSBwiki/attach/DivWorkbenchWorkshop_34/DiversityDescriptions_MOD-CO-Use-Case_2018-04-26_fin.pdf] (J. Harjes, A. Link)
* 16.45 Uhr Diskussion
* 17.00 Uhr Ende



 

 

|| Teilnehmer || Institut || Fachgebiet
| Sönke Birk | Nationalpark Schwarzwald Freudenstadt | Geodatenmanagement
| Wolfgang Diewald | Botanische Staatssammlung München und SNSB IT Center | Botanik
| Christoph Dreiser | Nationalpark Schwarzwald Freudenstadt | Umweltmonitoring und Geodatenmanagement
| Asli Ekizoglu | Ruhr-Universität Bochum | Geobotanik
| Janno Harjes | Universität Bayreuth | Mykologie
| Hubert Höfer | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Zoologie
| Martin Kemler | Ruhr-Universität Bochum | Geobotanik
| Daniel Osieko Okach | Universität Bayreuth | Pflanzenökologie
| Anke Penzlin | Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung Frankfurt | Biodiversitätsinformatik
| Silke Petri | Nationalpark Schwarzwald Freudenstadt | Informatik
| Florian Raub | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Zoologie
| Tanja Rollnik | Ruhr-Universität Bochum | Geobotanik
| Carolin Schieren | Ruhr-Universität Bochum | Geobotanik
| Moritz Schröder | Ruhr-Universität Bochum | Geobotanik
| Karthik Shanmugam | Universität Bayreuth | Mykologie
| Ingo Wendt | Staatliches Museum für Naturkunde Stuttgart | Zoologie

 

 

! Diversity Workbench Entwickler Plattform

* [Training materials|http://diversityworkbench.net/Portal/Training_materials]
* [Diversity Workbench Information Models|http://www.diversityworkbench.net/Portal/Information_models]
* [Diversity Workbench Software|http://www.diversityworkbench.net/Portal/Software]
* [DiversityMobile App on Windows Phone Store|http://www.windowsphone.com/de-de/store/app/diversitymobile/54215bc5-8640-40df-917d-ae718b7542f3]
* [Empfehlungen für Software-Entwickler|http://diversityworkbench.net/Portal/Recommendations_for_developers]
* [DWB User Manuals|http://diversityworkbench.net/Portal/DWB_user_manuals]

! Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken

* IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
* Port: 5432
* SQL-Server authentification
** User: WORKSHOP
** Password: available on request

 

! Diversity Workbench – empfohlen von DFG und GFBio

[DFG RISources|http://risources.dfg.de] mit [Diversity Workbench – Text DE|http://risources.dfg.de/detail/RI_00170_de.html]

[GFBio recommended research data management|http://www.gfbio.org/tools-workbenches] und [GFBio guided research data submission|http://www.gfbio.org/submit] mit Diversity Workbench

 

! Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum

* Archivierung and Publikation von Bio- und Geodiversitätsforschungsdaten, siehe [Portfolios der GFBio Data Centers|http://www.gfbio.org/about/data-centers] und [Profile des Data Center SNSB|http://www.gfbio.org/snsb]

 

! Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile

* [DWB Netzwerk an den SNSB|http://diversityworkbench.net/Portal/DWB_network_and_installations:_Real_life_examples]

* [MOD-CO Projekt|http://www.mod-co.net/wiki/Main_Page] mit [MOD-CO Schema|http://www.mod-co.net/wiki/Schema_Representations] und [Use Cases für das MOD-CO Schema (im Aufbau)|http://www.mod-co.net/wiki/Implementations]

* [DiversityMobile|http://www.diversitymobile.net/wiki/DiversityMobile_WP] – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung ([IBF|http://www.diversitymobile.net/wiki/IBF_Project])

* [Flora von Bayern|http://wiki.bayernflora.de]
** aus DWB Daten dynamisch erzeugte [Verbreitungskarten für in Bayern vorkommende Farn- und Blütenpflanzen|http://daten.bayernflora.de/de/info_pflanzen.php]
** [DWB Datenfluss Grafiken|http://wiki.bayernflora.de/web/Datenfluss_─_Flora_von_Bayern] (Version 2015)
** [DiversityMobile im Einsatz|http://wiki.bayernflora.de/web/GPS_genaue_BFL_Ergänzungskartierungen_2017]
** [DiversityGISeditor im Einsatz|http://wiki.bayernflora.de/web/Raumbezogene_Feldforschung_zum_Vorkommen_von_Pflanzen_im_nördlichen_Ostbayern,_1945_bis_1991]

 

! GBOL Data Transfer Applications

* [Lims2Fims|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/tree/master/Lims2Fims] und [Lims2Fims documentation|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/wiki/LIMS2FIMS]

* [sync gbol data|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/tree/master/sync_gbol_data] und [sync gbol data documentation|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/wiki]

 

! Literatur zum Workshop

ARPHA Writing tool under [https://arpha.pensoft.net/] and [http://arphahub.com/]; import of species descriptions via XML/API?

Dallmeier-Tiessen, S., Khodiyar, V., Murphy, F., Nurnberger, A., Raymond, L. &Whyte, A. (2017). Connecting Data Publication to the Research Workflow: A Preliminary Analysis, International Journal of Digital Curation (IJDC), Vol 12, No 1, 2017, [doi.org/10.2218/ijdc.v12i1.533|https://doi.org/10.2218/ijdc.v12i1.533]

Diederich, J. 1997: Basic properties for biological databases: Character development and support. 25(10): 109-127. https://doi.org/10.1016/S0895-7177(97)00078-2. [download|https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0895717797000782/pdf?md5=7ab6653acd95e721647905687edf1de5&pid=1-s2.0-S0895717797000782-main.pdf]

Diepenbroek, M., Glöckner, F., Grobe, P., Güntsch, A., Huber, R., König-Ries, B., Kostadinov, I., Nieschulze, J., Seeger, B.; Tolksdorf, R., & Triebel, D. 2014. Towards an Integrated Biodiversity and Ecological Research Data Management and Archiving Platform: The German Federation for the Curation of Biological Data (GFBio). – In: Plödereder, E., Grunske, L., Schneider, E. & Ull, D. (eds): Informatik 2014 – Big Data Komplexität meistern. GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) – Proceedings 232: 1711-1724. Köllen Verlag, Bonn.

Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. [download|https://epub.uni-bayreuth.de/632/1/Dissertation_Hagedorn_2007.pdf]

Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. [download|http://www.diversitymobile.net/wiki/images/3/30/GI2009_jablonski_et-al.pdf]

Mons, B., Neylon, C., Velterop, J., Dumontier, M., Bonino da Silva Santos, L. O. & Wilkinson, M. D. 2017. Cloudy, increasingly FAIR; revisiting the FAIR Data guiding principles for the European Open Science Cloud. Information Services & Use 37(1): 49-56. DOI: 10.3233/ISU-170824, ([download|http://content.iospress.com/download/information-services-and-use/isu824?id=information-services-and-use/isu824])

Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. [doi: 10.3897/mycokeys.8.6605|http://www.pensoft.net/journals/mycokeys/article/6605/lias-light-–-towards-the-ten-thousand-species-milestone] [download|http://www.pensoft.net/J_FILES/19/articles/6605/6605-G-3-layout.pdf].

Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Link, A., Glöckner, F.O. & Triebel, D. 2018. MOD-CO schema – a conceptual schema for processing sample data in meta’omics research (version 1.0). [http://mod-co.net/wiki/MOD-CO_Schema_Reference].

Rambold, G., Zedda, L., Coyle, J., Peršoh, D., Köhler, T., Triebel, D. 2016. Geographic heat maps of lichen traits derived by combining LIAS light description and GBIF occurrence data, provided on a new platform. – Biodiversity and Conservation 25(13): 2743–2751. ([doi:10.1007/s10531-016-1199-2|http://dx.doi.org/10.1007/s10531-016-1199-2]).

Roche, D. G., Kruuk, L. E. B., Lanfear, R., & Binning, S. A. 2015. Public Data Archiving in Ecology and Evolution: How Well Are We Doing? – PLoS Biol 13(11): e1002295.

Sansone, S.-A., McQuilton, P., Rocca-Serra, P., Gonzalez-Beltran, A., Izzo, M., Lister, A. & Thurston, M. (2018). FAIRsharing: working with and for the community to describe and link data standards, repositories and policies. BioRxiv. [doi.org/10.1101/245183>|https://doi.org/10.1101/245183] (preprint, not been peer-reviewed)

Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – [doi:10.3897/mycokeys.5.4302|http://www.pensoft.net/journals/mycokeys/article/4302/] [download|http://www.pensoft.net/J_FILES/19/articles/4302/4302-G-3-layout.pdf]

Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56.

Triebel, D., Reichert, W., Bosert, S., Feulner, M., Osieko Okach, D., Slimani, A. & Rambold, G. 2018. A generic workflow for effective sampling of environmental vouchers with UUID assignment and image processing. – Database, 2018 (Article ID bax096), 1–10; see [doi/10.1093/database/bax096/4797113|https://academic.oup.com/database/article-abstract/doi/10.1093/database/bax096/4797113]

White, E. P., Baldridge, E., Brym, Z. T., Locey, K. J., McGlinn, D. J., Supp, S. R. 2013. Nine simple ways to make it easier to (re)use your data. – Ideas Ecol. Evol. 6(2): 1-10. doi:10.4033/iee.2013.6b.6.f. [download|https://www.researchgate.net/publication/270061735_Nine_simple_ways_to_make_it_easier_to_reuse_your_data].

Wilkinson, M. D. et al. 2016. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. – Sci. Data 3:160018 doi: 10.1038/sdata.2016.18. – ([https://www.nature.com/articles/sdata201618]). [download|https://www.nature.com/articles/sdata201618.pdf]