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!! Neunundzwanzigster Diversity Workbench Workshop am [IT-Zentrum der SNSB|http://www.snsb.info]

Thema: Allgemeine Einführung in die DWB

An der Organisation und Durchführung des Workshops beteiligtes Team: [D. Triebel|mailto:triebel@bsm.mwn.de], [M. Weiss|mailto:weiss@bsm.mwn.de], [D. Neubacher|mailto:neubacher@bsm.mwn.de], [W. Reichert|mailto:reichert@bsm.mwn.de], [T. Weibulat|mailto:weibulat@bsm.mwn.de]

! Organisatorisches 


*Ansprechpartner (Anmeldung, Anreise etc.): [I. Sebek|mailto:office@bsm.mwn.de], [T. Weibulat|mailto:weibulat@bsm.mwn.de]

*Ort: [Botanische Staatssammlung München|http://www.botanischestaatssammlung.de], Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 139

*Anreise 
**vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die [Übersicht des Schnellbahnnetzes |http://www.mvv-muenchen.de/fileadmin/media/Dateien/4_Service/dokumente/downloadbereich/schnellbahn-netzplan2011.pdf]. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 17 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das [Innenraumnetz München|http://www.mvv-muenchen.de/fileadmin/media/Dateien/plaene/pdf/innenraum_Metrobus_27.04.2012.pdf] und die [MVV Fahrplanauskunft|http://www.mvv-muenchen.de/de/startseite/index.html].
**vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 20 min): Ab Hauptbahnhof Nord mit der Trambahnlinie 17 Richtung Amalienburgstraße. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das [Innenraumnetz München|http://www.mvv-muenchen.de/fileadmin/media/Dateien/plaene/pdf/innenraum_Metrobus_27.04.2012.pdf] und die [MVV Fahrplanauskunft|http://www.mvv-muenchen.de/de/startseite/index.html].

* Zeit: 01.06.2016, Beginn: 10.00 Uhr, Ende: ca. 17.00 Uhr
* Mittagspause: ca. 12.30 Uhr bis 13.30 Uhr
* Kaffeepause: ca. 15.00 Uhr bis 15.15 Uhr
* Hardware: eigener Laptop (ab MS Windows XP; .Net Framework 3.5 wird ggf. vor Ort installiert) 

! Arbeitsprogramm

Thema ist das Management von Daten im Bereich Sammlungsverwaltung, Biodiversitätsforschung und Georeferenzierung. Die verschiedenen Typen von Interaktionen der in diesem Kontext zentralen Komponente DiversityCollection (=DC) mit anderen Komponenten der Diversity Workbench (=DWB) werden vorgeführt. Die Teilnehmer werden angeleitet, mit den DWB-Applikationen in Trainingsdatenbanken selbständig zu arbeiten. Neben dem Arbeiten am Laptop wird auch die Dateneingabe über ein Smartphone mit der "DiversityMobile"-App demonstriert.

* 10.00 Uhr [Diversity Workbench – Einführung|Attachments/Triebel-DWBWorkshop-29.pdf] (D. Triebel)
* 10.30 Uhr Einführung in und Arbeiten mit "DiversityCollection", siehe auch DC-Manual ([pdf|http://diversityworkbench.net/w/media/0/0d/DiversityCollection_Manual_2016_02_25.pdf]) (M. Weiss)
* 12.00 Uhr Kurze Vorstellung der [Möglichkeiten mobiler Datenerfassung mit der DWB|Attachments/Weibulat_MobileDatenerfassung_DWB-Workshop24_Wiki.pdf], mit Schwerpunkt auf "DiversityMobile"(T. Weibulat)
* 12.30 Uhr Mittagspause mit Kurzdemo im Botanischen Garten: "DiversityMobile" auf Smartphone (T. Weibulat)
* 13.30 Uhr Datenaustausch: Arbeiten mit dem DC-Import- und dem DC-Export-Wizard (M. Weiss)
* 14.30 Uhr Vorstellung von "DiversityGISeditor" zur Erzeugung von Geo-Daten (W. Reichert)
* 15.15 Uhr Kaffeepause
* 15.30 Uhr Vorstellung von "DiversitySamplingPlots" und "DiversityGazetteers" zum Management und zur Verwendung von Geo-Daten (W. Reichert)
* 16.00 Uhr Kurze Vorstellung weiterer DWB-Module, z.B. "DiversityProjects", "DiversityTaxonNames", "DiversityReferences" und "DiversityScientificTerms" (M. Weiss)
* 17.00 Uhr Ende

|| Teilnehmer || Institut || Fachgebiet
| Marc Appelhans | Georg-August-Universität Göttingen | Botanik
| Simone Bosert | Universität Bayreuth | Mykologie
| Diane Falkenberg | Botanische Staatssammlung München | Lichenologie, Mykologie
| Sonja Graven | Museum Mensch und Natur München | Präparation
| Janno Harjes | Universität Bayreuth | Mykologie
| Michaela Hofmann | Ludwig-Maximilians-Universität München | Zoologie
| Nadine Nolde | Universität Köln | Archäozoologie
| Dieter Oberle | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Mykologie
| Astrid Schnakenberg | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Mykologie
| Anja Schneider | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Mykologie
| Max Wieners | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Mykologie




! Diversity Workbench Entwickler Plattform

* [Diversity Workbench Information Models|http://www.diversityworkbench.net/Portal/Information_models]
* [Diversity Workbench Software|http://www.diversityworkbench.net/Portal/Software]
* [DiversityMobile App on Windows Phone Store|http://www.windowsphone.com/de-de/store/app/diversitymobile/54215bc5-8640-40df-917d-ae718b7542f3]
* [Empfehlungen für Software-Entwickler|http://diversityworkbench.net/Portal/Recommendations_for_developers]

!Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken

*IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
*Port: 5432
*SQL-Server authentification
**User: WORKSHOP
**Password: available on request

! Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile

* [DWB Netzwerk an den SNSB|http://diversityworkbench.net/Portal/DWB_network_and_installations:_Real_life_examples]

* [Flora von Bayern – Datenfluss|http://wiki.bayernflora.de/web/Datenfluss_%E2%94%80_Flora_von_Bayern] (Version 2015; Seite im Aufbau)

* [DiversityMobile|http://www.diversitymobile.net/wiki/DiversityMobile_WP] – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung ([IBF|http://www.diversitymobile.net/wiki/IBF_Project])

! Daten in DiversityCollection online

* via GBIF Portal, z. B. [GBIF Data Publisher SNSB|http://www.gbif.org/publisher/0674aea0-a7e1-11d8-9534-b8a03c50a862]
* via [BFL-Datenportal (BIB)|http://daten.bayernflora.de/de/checklist_pflanzen.php], [BiNHum (prototype)|http://www.binhum.net/], [BioCASE Europe|http://search.biocase.org/europe], [EDIT Portal|http://search.biocase.org/edit/index], [GBOL Datenportal|https://www.bolgermany.de/], [GFBio|http://gfbio.org], [INCT/HV|http://inct.florabrasil.net/], [JSTOR-GPI|http://plants.jstor.org/], [VH/de|http://vh.gbif.de/vh/index] 
* 44 [BioCase-Wrapper Dienste|http://www.snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/Wiki.jsp?page=BioCASeWrapperSNSB] am SNSB IT-Zentrum (4 under development)
* 10 [Webschnittstellen at the SNSB|http://www.snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/Wiki.jsp?page=DC_Webschnittstellen] mit Zugriff auf Daten via DiversityCollectionCache 
* other interfaces, e.g., via GBOL

! Daten in DiversityTaxonNames online

* via [REST Webservice zu Regionalisierten und Domän-spezifischen Taxonlisten|http://services.snsb.info/DTNtaxonlists/rest/v0.1/static/api-doc.html]
** Quellen und Beschreibung unter [DTN Taxon Lists Services|http://www.diversitymobile.net/wiki/DTN_Taxon_Lists_Services]

* via GBIF Checklist Publikationen (DwC) über den [GBIF Data Publisher SNSB|http://www.gbif.org/publisher/0674aea0-a7e1-11d8-9534-b8a03c50a862]

* via Webschnittstellen und SOAP/REST Webdienste mit Zugriff auf DTN Datenbanken:
** [LIAS names|http://liasnames.lias.net/]
** [Melastomataceae.Net|http://www.melastomataceae.net/MELnames/] 

* via [Catalogue of Life/ Annual/Dynamic Checklist Portal|http://www.catalogueoflife.org/]: Source database "GSD" [LIAS|http://www.catalogueoflife.org/col/details/database/id/79]

! Daten in DiversityExsiccatae online

*via [IndExs|http://indexs.botanischestaatssammlung.de/]


! Diversity Workbench – DFG and GFBio recommended

[DFG RISources|http://risources.dfg.de] mit [Diversity Workbench – Text DE|http://risources.dfg.de/detail/RI_00170_de.html]

[GFBio recommended research data management|http://www.gfbio.org/tools-workbenches] and [GFBio guided research data submission|http://www.gfbio.org/submit ] with Diversity Workbench


!Services of the SNSB IT Center in its role as GFBio data center

*Archiving and publication of bio- and geodiversity research data, see [Profile and Portfolio of Data Center SNSB|http://www.gfbio.org/snsb]



! Literatur zum Workshop

Chapman, A. D. 2005. Principles and Methods of Data Cleaning – Primary Species and Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 72 pp. [download|http://www.gbif.org/orc/?doc_id=1262&l=en]

Chapman, A. D. 2005. Principles of Data Quality. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 58 pp. [download|http://www.gbif.org/orc/?doc_id=1229&l=en]

Chapman, A. D. 2005. Uses of Primary Species-Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 106 pp. [download|http://www.gbif.org/orc/?doc_id=1300&l=en]

Chapman, A. D. & Grafton, O. 2008. Guide to Best Practices for Generalising Sensitive Species Occurence Data. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 21 pp. [download|http://www.gbif.org/orc/?doc_id=1233] 

Chapman, A. D. & Wieczorek, J. 2006 (eds.). Biogeomancer, Guide to Best Practices in Georeferencing. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 80 pp. [download|http://www.gbif.org/orc/?doc_id=1288&l=en]

Frazier, C. K., Wall, J. & Grant, S. 2008. Initiating a Natural History Collection
Digitisation Project, version 1.0. Copenhagen: Global Biodiversity Information Facility. – 
75 pp. [download|http://www.gbif.org/orc/?doc_id=2176]

Gray, J., Liu, D. T., Nieto-Santisteban, M., Szalay, A. S., DeWitt, D. & Heber, G. 2005. Scientific Data Management in the Coming Decade. – Technical Report MSR-TR-2005-10. – 8 pp. [download|http://arxiv.org/ftp/cs/papers/0502/0502008.pdf]

Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. [download|http://opus.ub.uni-bayreuth.de/volltexte/2010/727/pdf/Dissertation_Hagedorn_2007.pdf]

Jablonski, S., Kehl, A., Neubacher, D., Poschlod, P., Rambold, G., Schneider, T., Triebel, D., Volz, B. & Weiss, M. 2009. DiversityMobile – Mobile data retrieval platform for biodiversity research projects. – In Fischer, S., Maehle, E. & Reischuk, R. (eds.), Informatik 2009 – Im Focus das Leben. Beiträge der 39. Jahrestagung der Gesellschaft für Informatik e. V. (GI). GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) - Proceedings 154: 27, 610–624. [download|http://www.diversitymobile.net/wiki/images/3/30/GI2009_jablonski_et-al.pdf]

Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. [doi: 10.3897/mycokeys.8.6605|http://www.pensoft.net/journals/mycokeys/article/6605/lias-light-%E2%80%93-towards-the-ten-thousand-species-milestone] [download|http://www.pensoft.net/J_FILES/19/articles/6605/6605-G-3-layout.pdf].

Tegelberg, R., Mononen, T. & Saarenmaa, H. 2014. High-performance digitization of natural history collections: Automated imaging lines for herbarium and insect specimens. – Taxon 63(6): 1307–1313. – [http://dx.doi.org/10.12705/636.13]

Tewksbury, J. et al. 2014. Natural History’s Place in Science and Society. - BioScience, biu032. [download|http://www.snsb.info/SNSBwiki/attach/Attachments/Tewksbury-et-al-BioScience-2014.pdf]

Triebel, D. 2009. Pilzherbarien – Neue Aufgaben im Bereich Biodiversitätsinformatik und Datenmanagement. – In Anonymous (ed.), Rundgespräche der Kommission für Ökologie, herausgegeben von der Bayerischen Akademie der Wissenschaften, Band 37: Ökologische Rolle von Pilzen. – 131–145. München. [download|http://www.diversitymobile.net/wiki/media/Triebel_2009.pdf]

Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – [doi:10.3897/mycokeys.5.4302|http://www.pensoft.net/journals/mycokeys/article/4302/] [download|http://www.pensoft.net/J_FILES/19/articles/4302/4302-G-3-layout.pdf]

Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56. 

Triebel, D., Weibulat, T. & Bensch, K. 2014.  Sammlungsschätze online – Schritte zur Virtuellen Naturhistorischen Sammlung. – Natur im Museum. – Mitteilungen der Fachgruppe Naturwissenschaftliche Museen im Deutschen Museumsbund 4: 31–35. [download|http://www.snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/attach/Attachments/Triebel-Weibulat-Bensch-2014.pdf].

Walls, R. L. et al. 2014. Semantics in Support of Biodiversity Knowledge Discovery: An Introduction to the Biological Collections Ontology and Related Ontologies – PLOS ONE 9(3): 1–13. [download|http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3940615/pdf/pone.0089606.pdf]

Wieczorek, J., Guo, Q. & Hijmans, R. J. 2004. The point-radius method for georeferencing locality descriptions and calculating associated uncertainty. Int. J. Geographical Information Science 18(8): 747–767 [download|http://www.snsb.info/SNSBwiki/attach/Attachments/Wieczorek%20%20et%20al.%202004.pdf]

! Papers ["Towards a global strategy and action plant for discovery and publishing of natural history collections data"|https://journals.ku.edu/index.php/jbi/issue/view/323/showToc] – 2010

! Papers on a GBIF-supported ["Data publishing framework for primary biodiversity data"|http://www.biomedcentral.com/bmcbioinformatics/supplements/12/S15] – 2011

! Papers on ["Mass digitization of natural history collections"|http://www.pensoft.net/journals/zookeys/issue/209/] – 2012