Agenda: DWB DiversityDescriptions as Research Data Management System (RDMS), data pipelines with DWB-DD involved

__ → [UPCOMING WORKSHOPS|http://www.snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/Wiki.jsp?page=UpcomingWorkshops]__

!! 39. Diversity Workbench Workshop am [IT-Zentrum der SNSB|http://www.snsb.info]

 

Thema: Einführung in DWB DiversityDescriptions; Schwerpunkt: Management von Mess- und Merkmalsdaten, Importe, Exporte, DWB-DD als Teil des GFBio Netzwerkes

Es wird das Management von wissenschaftlichen Daten im Bereich Bio- und Geodiversitätsforschung ohne direkten Sammlungsbezug behandelt. Dies betrifft Mess- und Merkmalsdaten, wie sie in ökologischen Projekten mit Prozessen im Labor anfallen, inklusive dem Management von strukturierten Beschreibungsdaten. Dabei werden Fragen der Interoperabiliät, des Datenaustauschs und der Standardisierung behandelt, besonders mit Bezug zur __German Federation for Biological Data__ ([GFBio|https://www.gfbio.org]). Die Teilnehmer werden angeleitet, mit der DWB-Applikation ''DiversityDescriptions'' in einer Trainingsdatenbank selbständig zu arbeiten. Verschiedene Demos verdeutlichen den vielfältigen und flexiblen Einsatz der Software.

An der Vorbereitung und Durchführung des Workshops beteiligtes Team

* aus München: [Dagmar Triebel|mailto:triebel@snsb.de], [Ariane Grunz|mailto:grunz@snsb.de], Eva Haiduk, [Anton Link|mailto:link@snsb.de], [Dieter Neubacher|mailto:neubacher@snsb.de], [Wolfgang Reichert|mailto:reichert@snsb.de], [Stefan Seifert|mailto:seifert@snsb.de], [Tanja Weibulat|mailto:tweibulat@gfbio.org], [Markus Weiss|mailto:weiss@snsb.de]

* aus Bayreuth, UBT: [Gerhard Rambold|mailto:gerhard.rambold@uni-bayreuth.de]

* aus Stuttgart, Museum für Naturkunde: [Ingo Wendt|mailto:ingo.wendt@smns-bw.de]

 Der Workshop wird in Kooperation mit der __[German Federation for Biological Data (GFBio)|https://www.gfbio.org]__ veranstaltet.


__Dieser DWB Workshop wird an zwei darauffolgenden Tagen stattfinden. Es stehen mehrere Räume zur Verfügung, um auf neue COVID-19 Maßnahmen, Hygiene- und Sicherheitskonzepte sowie Abstandsregeln reagieren zu können. Die Teilnehmer-Zahl wird auf maximal 10 begrenzt. Bitte melden Sie sich an und bringen Sie Ihren eigenen LapTop mit (Spezifikationen siehe unten). Die Ansprechpartner und DWB-Experten vor Ort werden zeitlich abwechselnd bereitstehen.__


!! Organisatorisches und Technisches

 
* Ansprechpartner (Anreise, Anmeldung etc.): [Tanja Weibulat|mailto:tweibulat@gfbio.org]

* Ort: [SNSB - Botanische Staatssammlung München|http://www.botanischestaatssammlung.de], Menzinger Str. 67, 1. Stock, Zi 138 und 139

* Anreise
** vom Flughafen München (Gesamtdauer ca. 60 min): Von der S-Bahn-Endhaltestelle am Flughafen mit der S-Bahn (S 1) Richtung Hauptbahnhof. Die S-Bahn fährt alle 20 min. Aussteigen an der Haltestelle Moosach. Die Haltestellen zeigt die [Übersicht des Schnellbahnnetzes|https://www.mvv-muenchen.de/plaene-bahnhoefe/plaene/index.html]. Ab Bahnhof Moosach mit der Buslinie 51 Richtung Aidenbachstraße. Der Bus fährt alle 10 min. Haltestelle ist Maria-Ward-Straße. Von hier aus sind es 400 m zu Fuß entlang der Menzingerstraße stadtauswärts, wahlweise kann auch noch die Tramlinie 12 (Richtung Amalienburgstraße) für eine Haltestelle benutzt werden. Details zeigt das [Tram- und Metrobusnetz München|https://www.mvv-muenchen.de/plaene-bahnhoefe/plaene/index.html] und die [MVV Fahrplanauskunft|https://www.mvv-muenchen.de/fahrplanauskunft/index.html].
** vom Hauptbahnhof München (Gesamtdauer ca. 25 min): Ab Hauptbahnhof mit der U-Bahn U1 bzw. U7 Richtung Olympia-Einkaufszentrum fahren. Die U-Bahn fährt alle 5 min. An der Haltestelle Rotkreuzplatz aussteigen und in die Trambahnlinie 12 Richtung Amalienburgstraße umsteigen. Die Tram fährt alle 10 min. Haltestelle ist der Botanische Garten München-Nymphenburg. Details zeigt das [Tram- und Metrobusnetz München|https://www.mvv-muenchen.de/plaene-bahnhoefe/plaene/index.html] und die [MVV Fahrplanauskunft|https://www.mvv-muenchen.de/fahrplanauskunft/index.html].

 
* Zeit: Beginn: __26. Oktober 2020__, 11.00 Uhr, Ende: __27. Oktober 2020__, 13.00 Uhr
* Mittagspause am 26. Oktober: ca. 12.30 Uhr bis 13.15 Uhr
* Kaffeepause am 26. Oktober: ca. 15.15 Uhr bis 15.30 Uhr
* Kaffeepause am 27. Oktober: ca. 10.15 Uhr bis 10.30 Uhr

* __(um einen Unkostenbeitrag von € 15 wird gebeten)__

* __Hardware__: eigener Laptop (ab __MS Windows 7__; __.Net Framework 4.8 bitte vorab installieren!__ Mit dem aktuellsten Windows Update sollte .NET 4.8 bereits mitinstalliert sein.)

* __Im Workshop verwendete DWB Client-Software__
** will be listed here...
** will be listed here...
 
!! Arbeitsprogramm

__26. Oktober 2020__

* 11.00 Uhr [Diversity Workbench – Einführung|Attachments/Triebel-DWBWorkshop-38_fin.pdf] (D. Triebel)
* 11.30 Uhr Überblick über Grundfunktionen des RDMS DWB-DD (A. Link)
* 12.30 Uhr Mittagspause
* 13.15 Uhr Datenkuration von Messdaten in DWB-DD, Spreadsheets (A. Link, G. Rambold)
* 13.30 Uhr Demo: DWB-DD als RDMS für ARAMOB morphologisch-anatomische Daten von Wolfsspinnen (I. Wendt)
* 13.45 Uhr Selbständiges Arbeiten mit DWB-DD am Beispiel des Managements von morphologisch-anatomischem Beschreibungen von Organismen, inkl. DWB-DD Exporte zur Generierung von html-Seiten (A. Link, I. Wendt)
* 14.45 Uhr Demo: DWB-DD als RDMS für LIAS, Demo NaviKey (E. Haiduk)
* 15.00 Uhr Vorstellung einer ersten prototypischen Version von DiversityNaviKey mit Zugriff auf DWB-DD-Daten und DD PostgreSQL-Cache-Datenbanken (A. Grunz)
* 15.15 Uhr Kaffeepause
* 15.30 Uhr Demo: DWB-DD als RDMS für die Entwicklung und Publikation von Community-Standards, Beispiel MOD-CO; Wiki-Seiten, XSD-files (G. Rambold)
* 15.45 Uhr Demo: DWB-DD als RDMS für eine Workflow-Design-Datenbank (G. Rambold)
* 16.30 Uhr Diskussion
* 17.00 Uhr Ende

__27. Oktober 2020__

* 9.00 Uhr Überblick über Funktionen zur Sicherung der Konformität mit SDD und EML Standard (A. Link)
* 9.30 Uhr Selbständiges Arbeiten mit DWB-DD: Import Schemas und Import Wizard (A. Link, N.N.)
* 10.15 Uhr Kaffeepause
* 10.30 Uhr GFBio Daten-Pipeline I inkl. GFBio Submission Einbindung von DiversityProjects, teilweise Demo (T. Weibulat, W. Reichert, M. Weiss)
* 11.30 Uhr GFBio Daten-Pipeline II: DWB-DD-Datenpakete zur Publikation und Archivierung, teilweise Demo (T. Weibulat, S. Seifert) 
* 12.30 Uhr Diskussion und Ende
 
|| Teilnehmer || Institut || Fachgebiet
|Florian Raub | Staatliches Museum für Naturkunde Karlsruhe | Zoologie, Biodiversitätsinformatik
|Camila Uribe-Holguin|Ludwig-Maximilians-Universität München|Botanik
|Julia Wellsow |Botanische Staatssammlung München und SNSB IT Center | Botanik, Flora von Bayern
|Robert Huber| Universität Bremen | Informatik, GFBio Data Harvesting 
|N.N.| Universität Marburg | Informatik, GFBio VAT Tool




!! Weitere Information

! Zugangsdaten zu den DWB Trainingsdatenbanken (nach dem Workshop)

* IP-Adresse: training.diversityworkbench.de
* Port: 5432
* SQL-Server authentification
** User: WORKSHOP
** Password: available on request

! Diversity Workbench Entwickler Plattform

* [DWB Support und training materials|http://diversityworkbench.net/Portal/Support]
* [Diversity Workbench Information Models|http://www.diversityworkbench.net/Portal/Information_models]
* [Diversity Workbench Software|http://www.diversityworkbench.net/Portal/Software]
* [DiversityMobile App on Windows Phone Store|http://www.windowsphone.com/de-de/store/app/diversitymobile/54215bc5-8640-40df-917d-ae718b7542f3]
* [Empfehlungen für Software-Entwickler|http://diversityworkbench.net/Portal/Recommendations_for_developers]
* [DWB User Manuals|http://diversityworkbench.net/Portal/DWB_user_manuals] with [DWB Video Tutorials in German|http://diversityworkbench.net/Portal/Diversity_Workbench_Video_Tutorials]

! Diversity Workbench – empfohlen von der DFG und GFBio

[DFG RISources|http://risources.dfg.de] mit [Diversity Workbench – Text DE|http://risources.dfg.de/detail/RI_00170_de.html]

[GFBio recommended research data management|https://www.gfbio.org/data/tools] mit DWB in 10 questions

[GFBio guided research data submission|https://www.gfbio.org/submit] mit DWB

! Dienste des SNSB IT Center in seiner Rolle als GFBio Datenzentrum, GBIF Data Publisher und CETAF Data Provider

* Archivierung and Publikation von Bio- und Geodiversitätsforschungsdaten, siehe [Portfolios der GFBio Data Centers|http://www.gfbio.org/about/data-centers] und [Profile des Data Center SNSB|http://www.gfbio.org/snsb]

* [DWB BioCASe Data pipelines und RDF services|http://www.snsb.info/dwb_biocase.html] with [overview on occurrence datasets published via SNSB|http://www.snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/Wiki.jsp?page=BioCASeWrapperSNSB]

! Virtuelle Forschungsumgebungen und DWB Netzwerke, Diversity Mobile

* [DWB Netzwerk an den SNSB|http://diversityworkbench.net/Portal/DWB_network_and_installations:_Real_life_examples]

* [MOD-CO Projekt|http://www.mod-co.net/wiki/Main_Page] mit [MOD-CO Schema|http://www.mod-co.net/wiki/Schema_Representations] und [Use Cases für das MOD-CO Schema (im Aufbau)|http://www.mod-co.net/wiki/Implementations]

* [DiversityMobile|http://www.diversitymobile.net/wiki/DiversityMobile_WP] – Smartphone App (WindowsPhone) als Teil einer Forschungsumgebung ([IBF|http://www.diversitymobile.net/wiki/IBF_Project])

* [Flora von Bayern|http://wiki.bayernflora.de]
** aus DWB Daten dynamisch erzeugte [Verbreitungskarten für in Bayern vorkommende Farn- und Blütenpflanzen|http://daten.bayernflora.de/de/info_pflanzen.php]
** [DWB Datenfluss Grafiken|http://wiki.bayernflora.de/web/Datenfluss_─_Flora_von_Bayern] (Version 2015)
** [DiversityMobile im Einsatz|http://wiki.bayernflora.de/web/GPS_genaue_BFL_Ergänzungskartierungen_2017]
** [DWB Tabellen-Editor für TK25 Rasterdaten und Bayernflora-Editor im Einsatz|https://wiki.bayernflora.de/web/DWB_Tabellen-Editor_für_TK25_Rasterdaten_und_Bayernflora-Editor]
** [DiversityGISeditor im Einsatz|http://wiki.bayernflora.de/web/Raumbezogene_Feldforschung_zum_Vorkommen_von_Pflanzen_im_nördlichen_Ostbayern,_1945_bis_1991]
** [DiversityTaxonNames im Einsatz|http://wiki.bayernflora.de/web/Taxonomische_Referenzliste_der_Gefäßpflanzen_Bayerns]

* [Regionalised and Domain-specific Taxon Lists|http://services.snsb.info/DTNtaxonlists/rest/v0.1/static/api-doc.html]

! GBOL Data Transfer Applications

* [Lims2Fims|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/tree/master/Lims2Fims] und [Lims2Fims documentation|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/wiki/LIMS2FIMS]

* [sync gbol data|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/tree/master/sync_gbol_data] und [sync gbol data documentation|https://github.com/ZFMK/GermanBarcodeofLife/wiki]

 

!!  Literatur zum Workshop

ARPHA Writing tool under [https://arpha.pensoft.net/] and [http://arphahub.com/]; import of species descriptions via XML/API?

[FAIR Principles Special Issue 2019|http://www.data-intelligence.org/p/67/]

[GFBio relevant standards|https://gfbio.biowikifarm.net/wiki/Data_exchange_standards,_protocols_and_formats_relevant_for_the_collection_data_domain_within_the_GFBio_network]

[DiSSCo Knowledge Base Dokumente|https://www.dissco.eu/what-is-dissco/knowledge-base/]

Dallmeier-Tiessen, S., Khodiyar, V., Murphy, F., Nurnberger, A., Raymond, L. & Whyte, A. 2017. Connecting Data Publication to the Research Workflow: A Preliminary Analysis, International Journal of Digital Curation (IJDC), Vol 12, No 1, 2017, [doi.org/10.2218/ijdc.v12i1.533|https://doi.org/10.2218/ijdc.v12i1.533]

Diederich, J. 1997: Basic properties for biological databases: Character development and support. 25(10): 109-127. https://doi.org/10.1016/S0895-7177(97)00078-2. [download|https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0895717797000782/pdf?md5=7ab6653acd95e721647905687edf1de5&pid=1-s2.0-S0895717797000782-main.pdf]

Diepenbroek, M., Glöckner, F., Grobe, P., Güntsch, A., Huber, R., König-Ries, B., Kostadinov, I., Nieschulze, J., Seeger, B.; Tolksdorf, R., & Triebel, D. 2014. Towards an Integrated Biodiversity and Ecological Research Data Management and Archiving Platform: The German Federation for the Curation of Biological Data (GFBio). – In: Plödereder, E., Grunske, L., Schneider, E. & Ull, D. (eds): Informatik 2014 – Big Data Komplexität meistern. GI-Edition: Lecture Notes in Informatics (LNI) – Proceedings 232: 1711-1724. Köllen Verlag, Bonn.

Gehring, P. 2018. Viele Fronten. Forschungsdatenmanagement als Ermöglichungspolitik. Forschung & Lehre 9/2018: 754-756. – [https://www.forschung-und-lehre.de/viele-fronten-985/]

GBIF News 2018. Adding-sequence-based-identifiers-to-backbone-taxonomy-reveals-dark-taxa-fungi. – [https://www.gbif.org/news/2LrgV5t3ZuGeU2WIymSEuk/adding-sequence-based-identifiers-to-backbone-taxonomy-reveals-dark-taxa-fungi]

Gramelsberger, G. & Müller, M. 2018. Datengetriebene Forschung. Ein Beitrag aus wissenschaftlicher Perspektive. Forschung & Lehre 9/2018: 758-760. – [https://www.wissenschaftsmanagement-online.de/beitrag/datengetriebene-forschung-ein-beitrag-aus-wissenschaftsreflexiver-perspektive-9347]

Hagedorn, G. 2008/2007. Structuring descriptive data of organisms – Requirement analysis and information models. – Dissertation, Universität Bayreuth. – 1–417. [download|https://epub.uni-bayreuth.de/632/1/Dissertation_Hagedorn_2007.pdf]

Hagedorn, G., Thiele, K., Morris, R., Heidorn, P.B. 2005. Structured Descriptive Data (SDD) w3c-xml-schema, Version 1.0. Biodiversity Information Standards (TDWG) http://www.tdwg.org/standards/116 (version 1.1 available)

Hodson, J. et al. 2018. FAIR Data Action Plan. Interim recommendations and actions from the European Commission Expert Group on FAIR data. – [https://doi.org/10.5281/zenodo.1285290]

Hodson, J. et al. 2018. Turning FAIR data into reality. Interim report of the European Commission Expert Group on FAIR data. – [https://doi.org/10.5281/zenodo.1285272]

Mons, B., Neylon, C., Velterop, J., Dumontier, M., Bonino da Silva Santos, L. O. & Wilkinson, M. D. 2017. Cloudy, increasingly FAIR; revisiting the FAIR Data guiding principles for the European Open Science Cloud. Information Services & Use 37(1): 49-56. DOI: 10.3233/ISU-170824, ([download|http://content.iospress.com/download/information-services-and-use/isu824?id=information-services-and-use/isu824])

Rambold, G., Elix, J. A., Heindl-Tenhunen, B., Köhler, T., Nash III, T. H., Neubacher, D., Reichert, W., Zedda, L. & Triebel, D. 2014. LIAS light – Towards the ten thousand species milestone. – MycoKeys 8 : 11–16. [doi: 10.3897/mycokeys.8.6605|http://www.pensoft.net/journals/mycokeys/article/6605/lias-light-–-towards-the-ten-thousand-species-milestone] [download|http://www.pensoft.net/J_FILES/19/articles/6605/6605-G-3-layout.pdf].

Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Link, A., Glöckner, F.O. & Triebel, D. 2018. MOD-CO schema – a conceptual schema for processing sample data in meta’omics research (version 1.0). [http://mod-co.net/wiki/MOD-CO_Schema_Reference].

Rambold, G., Yilmaz, P., Harjes, J., Klaster, S., Sanz, V., Link, A., Glöckner, F. O., Triebel, D. 2019. Meta-omics data and collection objects (MOD-CO): A conceptual schema and data model for processing sample data in meta-omics research. – Database, 2019 (Article ID baz002), 1–13. ([https://doi.org/10.1093/database/baz002 doi.org/10.1093/database/baz002]). see https://academic.oup.com/database/article/doi/10.1093/database/baz002/5303972

Rambold, G., Zedda, L., Coyle, J., Peršoh, D., Köhler, T., Triebel, D. 2016. Geographic heat maps of lichen traits derived by combining LIAS light description and GBIF occurrence data, provided on a new platform. – Biodiversity and Conservation 25(13): 2743–2751. ([doi:10.1007/s10531-016-1199-2|http://dx.doi.org/10.1007/s10531-016-1199-2]).

Sansone, S.-A., McQuilton, P., Rocca-Serra, P., Gonzalez-Beltran, A., Izzo, M., Lister, A. & Thurston, M. 2018. FAIRsharing: working with and for the community to describe and link data standards, repositories and policies. BioRxiv. [doi.org/10.1101/245183>|https://doi.org/10.1101/245183] (preprint, not been peer-reviewed)

Triebel, D., Hagedorn, G. & Rambold, G. 2012. An appraisal of megascience platforms for biodiversity information. – MycoKeys 5: 45–63. – [doi:10.3897/mycokeys.5.4302|http://www.pensoft.net/journals/mycokeys/article/4302/] [download|http://www.pensoft.net/J_FILES/19/articles/4302/4302-G-3-layout.pdf]

Triebel, D., Neubacher, D., Weiss, M., Heindl-Tenhunen, B., Nash. T. H. III & Rambold, G. 2010. Integrated biodiversity data networks for lichenology – data flows and challenges. – In Nash, T.H. III, Geiser, L., McCune, B., Triebel, D., Tomescu, A.M.F. & Sanders, W.B. (eds.), Biology of lichens – symbiosis, ecology, environmental monitoring, systematics and cyber applications. – Biblioth. Lichenol. 105: 47–56. Triebel, D., Reichert, W., Bosert, S., Feulner, M., Osieko Okach, D., Slimani, A. & Rambold, G. 2018. A generic workflow for effective sampling of environmental vouchers with UUID assignment and image processing. – Database, 2018 (Article ID bax096), 1–10; see [doi/10.1093/database/bax096/4797113|https://academic.oup.com/database/article-abstract/doi/10.1093/database/bax096/4797113]

White, E. P., Baldridge, E., Brym, Z. T., Locey, K. J., McGlinn, D. J., Supp, S. R. 2013. Nine simple ways to make it easier to (re)use your data. – Ideas Ecol. Evol. 6(2): 1-10. doi:10.4033/iee.2013.6b.6.f. [download|https://www.researchgate.net/publication/270061735_Nine_simple_ways_to_make_it_easier_to_reuse_your_data].

Wilkinson, M. D. et al. 2016. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. – Sci. Data 3:160018 doi: 10.1038/sdata.2016.18. – ([https://www.nature.com/articles/sdata201618]). [download|https://www.nature.com/articles/sdata201618.pdf]

----

----

Siehe auch 32. und 34. DWB Workshop [here|http://www.snsb.info/SNSBInfoOpenWiki/Wiki.jsp?page=WorkshopsArchive]. Beide Workshops behandelten Themen zu DWB-DD.